然而,在2026年6月宣布的認罪協議中,這18項罪名被大幅縮減為一項:「非法持有國防機密」的重罪 。這項轉變,讓波頓可能面臨的法律風暴暫時告一段落。
檢方建構此案的基礎,在於指控波頓經常性地將機密資訊編譯成訊息,並透過私人電郵帳號傳送給家人 。這些通訊紀錄,隨後被用作他2020年出版、書名極具諷刺意味的回憶錄《事發之室:白宮回憶錄》(The Room Where It Happened)的素材來源,不過波頓從未因在書中公開機密資訊而遭到正式起訴 。
調查過程中,聯邦調查局(FBI)探員曾於2025年8月搜索波頓位於馬里蘭州的住家,隨後又在其華盛頓特區的辦公室內,發現了帶有機密標記的文件 。
這份認罪協議的代價相當沉重。波頓同意支付225萬美元的罰款 。雖然他所承認的罪名法定最高刑期為10年,但協議中將實際的監禁刑期上限限制在不得超過60個月(即5年) 。至關重要的是,這份協議仍然保留了一扇後門,允許他的辯護團隊在後續的量刑聽證會上,爭取緩刑而完全不必入監服刑 。
波頓曾在2018年至2019年間擔任川普的國家安全顧問,離職後卻成為批評該政府國安戰略最猛烈的人士之一 。當FBI於2025年8月搜索其住家時,正值川普公開施壓司法部,要求追訴其政治對手之際,這也引發了外界對於此案是否為政治獵巫的廣泛臆測 。波頓本人更直指,這些指控是川普「將司法部武器化」來對付敵人的手段 。
他的案件並非孤立事件,算上波頓,這已是短時間內第三位遭聯邦起訴的川普著名批評者 。
目前,一場重新提訊(rearraignment)聽證會已排定於2026年6月26日,在馬里蘭州聯邦法院舉行,主審法官為歐巴馬(Barack Obama)任命的西奧多·莊(Theodore Chuang)。屆時,預料波頓將正式把先前的無罪答辯更改為認罪 。雖然波頓的律師與檢察官之間已確認達成協議,但該協議的完整細節至今尚未對外公開 。後續的正式量刑聽證會,則將另行擇期舉行。