這種模組化設計也有助於解決單一細胞內遺傳電路過度複雜的問題。每增加一項調控功能,細胞就需要更多分子機制;若把太多功能集中在同一個細胞,可能造成轉錄因子之間互相干擾,也會加重細胞製造蛋白質的負擔。讓不同菌落各自負責一小部分工作,便能把功能分散開來。
研究人員將細菌菌落以一個個小點列印在瓊脂上,相鄰菌落之間的距離約為 5 毫米。這種空間配置有助於讓化學訊號從一個菌落傳到下一個菌落,因此菌落的位置與種類共同決定了訊息的流向。
實驗流程先規劃列印布局,再培養工程菌株,最後將它們沉積到瓊脂上。實驗方法包括在含選擇性抗生素的瓊脂上培養菌株,並準備好以多孔板格式進行列印。
因此,重新配置電路的方式就是改變空間排列:在每個位置列印哪一種菌株,以及哪些菌落彼此相鄰。每次設計新電路時,不必重新改寫底層 DNA;部分「程式設計」工作轉移到了實體組裝上。
研究人員以這套架構測試了由簡到繁的多種運算,包括:
其中,全加器示範使用了 24 個列印菌落。這說明運算不必局限於一個負荷過重的細胞,也可以分散在多個彼此合作的細菌族群中完成。
這些細菌電路完成一次計算約需 8 小時。相較之下,矽基電子電路能在快得多的電子時間尺度上執行邏輯運算,因此這套系統並不是要取代處理器或進行一般數位運算。
但對生物應用而言,8 小時未必不可接受。植物乾旱壓力、害蟲危害或疾病發展通常以數小時至數天計算;若系統能在這段時間內辨識多個環境訊號,並啟動相應的生物反應,速度就可能符合實際需求。
換句話說,這項技術犧牲的是運算速度,換來的是與生物環境直接整合的能力。活體電路理論上可以在需要反應的地方,就地偵測化學條件並觸發生物輸出。
研究人員提出,植物相關環境可能是這類系統的應用方向之一。若電路能部署在根部或葉片上,便可整合與乾旱、昆蟲攻擊或病原體相關的訊號,只在偵測到適當組合時作出反應。
例如,未來系統可能觸發殺真菌化合物或其他植物保護性輸出的生成。不過,這些仍屬研究方向,尚未成為已驗證的農業產品;它們反映的是化學運算的潛在價值:即使比電子運算慢很多,只要能在生物現場完成感測與反應,仍可能具備用途。
傳統遺傳電路設計常問的是:一個細胞最多能塞進多少功能?MIT 這套架構提出了另一個問題:哪些功能應分散到不同細胞族群,又應該如何排列這些族群?
在這種設計中,遺傳工程決定每種菌株「能做什麼」,列印布局則決定它們「如何連接」。研究團隊因此不必為每一種邏輯設計都打造全新的菌株,而是能利用少量專門化元件,組合出可重新配置的生物平台。
這項研究部分由美國國防高等研究計畫署(DARPA)及美國情報高等研究計畫活動署(IARPA)資助。
這種模組化設計也有助於解決單一細胞內遺傳電路過度複雜的問題。每增加一項調控功能,細胞就需要更多分子機制;若把太多功能集中在同一個細胞,可能造成轉錄因子之間互相干擾,也會加重細胞製造蛋白質的負擔。讓不同菌落各自負責一小部分工作,便能把功能分散開來。
研究人員將細菌菌落以一個個小點列印在瓊脂上,相鄰菌落之間的距離約為 5 毫米。這種空間配置有助於讓化學訊號從一個菌落傳到下一個菌落,因此菌落的位置與種類共同決定了訊息的流向。
實驗流程先規劃列印布局,再培養工程菌株,最後將它們沉積到瓊脂上。實驗方法包括在含選擇性抗生素的瓊脂上培養菌株,並準備好以多孔板格式進行列印。
因此,重新配置電路的方式就是改變空間排列:在每個位置列印哪一種菌株,以及哪些菌落彼此相鄰。每次設計新電路時,不必重新改寫底層 DNA;部分「程式設計」工作轉移到了實體組裝上。
研究人員以這套架構測試了由簡到繁的多種運算,包括:
其中,全加器示範使用了 24 個列印菌落。這說明運算不必局限於一個負荷過重的細胞,也可以分散在多個彼此合作的細菌族群中完成。
這些細菌電路完成一次計算約需 8 小時。相較之下,矽基電子電路能在快得多的電子時間尺度上執行邏輯運算,因此這套系統並不是要取代處理器或進行一般數位運算。
但對生物應用而言,8 小時未必不可接受。植物乾旱壓力、害蟲危害或疾病發展通常以數小時至數天計算;若系統能在這段時間內辨識多個環境訊號,並啟動相應的生物反應,速度就可能符合實際需求。
換句話說,這項技術犧牲的是運算速度,換來的是與生物環境直接整合的能力。活體電路理論上可以在需要反應的地方,就地偵測化學條件並觸發生物輸出。
研究人員提出,植物相關環境可能是這類系統的應用方向之一。若電路能部署在根部或葉片上,便可整合與乾旱、昆蟲攻擊或病原體相關的訊號,只在偵測到適當組合時作出反應。
例如,未來系統可能觸發殺真菌化合物或其他植物保護性輸出的生成。不過,這些仍屬研究方向,尚未成為已驗證的農業產品;它們反映的是化學運算的潛在價值:即使比電子運算慢很多,只要能在生物現場完成感測與反應,仍可能具備用途。
傳統遺傳電路設計常問的是:一個細胞最多能塞進多少功能?MIT 這套架構提出了另一個問題:哪些功能應分散到不同細胞族群,又應該如何排列這些族群?
在這種設計中,遺傳工程決定每種菌株「能做什麼」,列印布局則決定它們「如何連接」。研究團隊因此不必為每一種邏輯設計都打造全新的菌株,而是能利用少量專門化元件,組合出可重新配置的生物平台。
這項研究部分由美國國防高等研究計畫署(DARPA)及美國情報高等研究計畫活動署(IARPA)資助。