點解讀長啲咁緊要?事關我哋嘅基因組入面,有好多重重複複、結構複雜嘅區域,短讀技術讀出嚟嘅碎片太短太散,根本就無法準確咁拼湊埋一齊,呢啲盲點往往就係致病基因嘅藏身之所。長讀測序就可以一氣呵成咁跨越呢啲複雜區域,將隱藏嘅大型結構重組、短串聯重複擴張(STR expansions)等「難搞」變異一網打盡 。
| 測試方法 | 獲得確診嘅病人數目 | 確診率 |
|---|---|---|
| 長讀全基因組測序 | 160 人 | 19.2% |
| 標準護理測試 | 137 人 | 16.5% |
雖然睇落個增幅唔算好大,但要知道,呢3%係喺現有最優化嘅標準測試之上,再多搵到嘅額外確診數目,對呢批原本「冇晒符」嘅病人同佢哋嘅家人嚟講,係得來不易嘅確切答案。更早之前,有其他研究喺已經做過短讀基因組測序但仍然搵唔到病因嘅人入面,用長讀測序可以提供額外 7%至17% 嘅診斷率,證明佢填補診斷缺口嘅潛力遠超一次頭對頭對照嘅結果 。
現時要追查罕見病嘅遺傳根源,病人可能要輪住做好多種測試,例如微陣列比較基因組雜交(array CGH)、多重連接依賴性探針擴增(MLPA)、針對特定重複擴張嘅測試等等,唔單止費時失事,仲好大機會喺當中某個環節「甩漏」。
拉德堡團隊研發嘅新長讀測試,係一個全面嘅單一基因組測試,可以 一次過取代最多15種現有測試,佢能夠同時檢測:
事實上,拉德堡大學醫學中心已經將呢項測試投入常規臨床應用,係全球首間大規模咁做嘅醫院。佢哋計劃每年進行高達 5,000次 測試,佔全院每年基因分析量大約六分一。基因組診斷實驗室主管 Helger IJntema 表示,呢項測試初期會先用於遺傳性失明同嚴重智力障礙嘅病人身上 。根據更早前嘅研究,HiFi 全基因組測序同標準護理測試喺各種變異類型嘅一致性達到 96.4%,而當將呢個測試模型化應用到年度病人總數時,估計可以改善或修正大約 3.4% 病人嘅基因診斷結果
。
轉譯基因組學教授 Lisenka Vissers 同佢嘅團隊,喺《新英倫醫學雜誌》入面講得好清楚:長讀測序應該喺全球各地被採納為診斷罕見遺傳病嘅 首選方法。道理好實際——既然一個測試已經比現時逐樣試嘅「拼圖式」檢測更加快、更加全面、更加有效率,就可以大大縮短病人同家屬嗰段以年計嘅漫長確診之路 。
呢項研究並唔係理論或者炒作。佢驗證緊嘅係一個已經喺臨床實驗室入面,用規模化方式運行嘅技術,而且呈上嘅證據說明,由一大堆測試過渡到單一長讀測序嘅流程,對其他醫療中心嚟講都係可行嘅。更宏大嘅願景係,隨住呢項技術常規化咁使用,可以逐步收窄嗰個一直存在嘅巨大診斷缺口——即使短讀外顯子組同基因組測序已經廣泛普及,呢個缺口依然未消失 。
對於香港以至全球嘅罕見病患者嚟講,呢項突破代表住一種新嘅可能性:唔使再無了期咁等,唔使再做極都搵唔到答案嘅測試,而係有一個更強大、更直接嘅工具,可以一次過揭開纏擾多年嘅基因謎團。