Mâu thuẫn quan trọng về thủ tục: Vào tháng 3 năm 2026, một hội đồng ba thẩm phán của ICC đã xem xét báo cáo của OIOS và nhất trí kết luận rằng "các phát hiện thực tế của OIOS không xác lập được hành vi sai phạm hay vi phạm nghĩa vụ" của ông Khan . Các thẩm phán cho rằng bằng chứng không đáp ứng các tiêu chí pháp lý về hành vi sai phạm theo tiêu chuẩn của tòa án và ông Khan có thể đảm nhiệm lại công việc
. Sau đó, Cơ quan Chủ quản ICC (ủy ban chấp hành của Đại hội đồng các quốc gia thành viên) đã bác bỏ phán quyết của tòa án này. Vào ngày 9 tháng 6 năm 2026, Cơ quan Chủ quản xác định rằng các phát hiện của OIOS là đáng tin cậy và ông Khan thực sự đã phạm sai phạm nghiêm trọng
.
Vào ngày 24 tháng 6 năm 2026, Cơ quan Chủ quản ICC đã chính thức đề nghị ông Khan bị sa thải (miễn nhiệm). Quyết định bằng văn bản của Cơ quan Chủ quản nêu rõ ông Khan đã có quan hệ tình dục không phù hợp với một nhân viên cấp dưới và nên bị cách chức . Đây là lần đầu tiên các chi tiết cụ thể của đề nghị này được công bố
.
Ông Khan đã bị đình chỉ ngay lập tức khỏi vai trò công tố viên trưởng ICC từ ngày 8-9 tháng 6 năm 2026, chờ cuộc bỏ phiếu toàn thể về việc bãi nhiệm ông .
Karim Khan đã liên tục và mạnh mẽ bác bỏ mọi cáo buộc sai phạm tình dục . Các đại diện pháp lý của ông gọi phán quyết của Cơ quan Chủ quản là "sai lầm" và là một "nỗ lực nguy hiểm" nhằm loại bỏ ông dựa trên những cáo buộc vô căn cứ
. Ông Khan đã cáo buộc các thành viên của cơ quan quản lý ICC tiến hành một chiến dịch thiên vị chống lại ông, liên hệ điều này với việc ông theo đuổi các cuộc điều tra về tội ác chiến tranh bị cáo buộc của Israel
. Ông đã tham gia các cuộc phỏng vấn truyền thông và xuất hiện trước công chúng để minh oan, cho rằng quy trình này là không công bằng
.