Щоб побачити це явище на рівні окремих клітин, дослідники використали нову технологію під назвою GAGE-seq (секвенування геномної архітектури та експресії генів). Цей одноклітинний метод одночасно вимірює дві речі в одній клітині:
Команда також інтегрувала ці вимірювання з просторовими транскриптомними картами цілісної тканини мозку, що дозволило їм бачити, де саме в мозку відбуваються ці зміни .
Окрім експериментального відкриття, дослідники створили обчислювальний інструмент для вивчення того, як структурні зміни геному впливають на регуляцію генів. Вони розробили Hicformer — модель глибокого навчання на основі ШІ, яка аналізує:
Hicformer може прогнозувати активність генів, специфічну для конкретного типу клітин, на основі цих даних. Дослідники описали його як обчислювальний полігон для розуміння того, як зміни в 3D-геномі можуть спричиняти неправильну регуляцію генів при хворобі Альцгеймера .
Це дослідження надає перший одноклітинний погляд на те, як хвороба Альцгеймера змінює фізичну архітектуру геному всередині клітин мозку. Оскільки 3D-складання ДНК безпосередньо контролює експресію генів, відкриття «змішування компартментів» пропонує новий молекулярний погляд на хворобу. Отримані результати можуть стати дорожньою картою для визначення терапевтичних мішеней, які відновлюють правильну організацію геному та експресію генів у уражених нейронах .