การเปลี่ยนแปลงสำคัญคือ ผู้ที่ไม่ได้ถือสัญชาติ EU ทุกคน (รวมถึงชาวอังกฤษ) จะต้องให้ลายนิ้วมือและภาพใบหน้า ในการเข้าประเทศครั้งแรก โดยบันทึกแบบดิจิทัลแทนการประทับตราหนังสือเดินทางแบบเดิม การลงทะเบียนไบโอเมตริกซ์แต่ละครั้งใช้เวลา 1-2 นาทีต่อคน และเมื่อผู้โดยสารทุกคนในคิวต้องให้ข้อมูลชีวภาพเป็นครั้งแรก เวลารอคอยจึงพุ่งสูงถึง 1-6 ชั่วโมง ตามสนามบินและจุดผ่านแดนทางบกที่มีผู้คนหนาแน่น การทยอยเปิดใช้ระบบที่มีจุดผ่านแดนในระดับความพร้อมที่แตกต่างกัน ทำให้เกิดความสับสน เนื่องจากบางจุดผ่านแดนใช้ระบบไบโอเมตริกซ์เต็มรูปแบบ ในขณะที่บางจุดยังใช้มาตรการผ่อนผันชั่วคราว ส่งผลให้ความเร็วในการประมวลผลไม่สอดคล้องกัน ที่สำคัญคือ ไม่มีค่าชดเชยตามระเบียบ EU261 สำหรับดีเลย์ที่ชายแดน: กฎหมายสิทธิผู้โดยสารไม่ครอบคลุมเวลารอคอยที่จุดตรวจหนังสือเดินทาง ดังนั้นนักเดินทางที่ติดอยู่ในคิว EES จึงไม่มีสิทธิ์เรียกร้องค่าชดเชยทางการเงินจากสายการบินหรือเจ้าหน้าที่ชายแดนโดยอัตโนมัติ
สหราชอาณาจักร
สเปน
บริบทด้านสิทธิผู้โดยสารของ EU ในวงกว้าง: สภายุโรปในเดือนกรกฎาคม 2026 ยังคงระดับค่าชดเชยผู้โดยสารเครื่องบินที่มีอยู่ (250-600 ยูโร ขึ้นอยู่กับระยะทาง) สำหรับดีเลย์เที่ยวบินและการยกเลิกเที่ยวบิน แต่กฎเหล่านี้ ใช้ไม่ได้ กับดีเลย์จากการควบคุมชายแดนที่เกิดจาก EES