Claude hittade ett CRISPR-liknande mönster – men vad gör ART?

Anthropics besked den 23 september är ett intressant exempel på hur AI kan hjälpa forskare att hitta något värt att undersöka. Det är inte ett besked om ett fungerande nytt verktyg för genredigering. Claude uppmärksammade en ovanlig struktur i bakteriofagers DNA, varefter människor undersökte fyndet i laboratoriet. Systemets biologiska funktion är fortfarande okänd.1315

Vad var det Claude hittade?

Anthropic kallar systemet array-associated reverse transcriptases, förkortat ART. Det finns i bakteriofager – virus som infekterar bakterier – och omfattar en gen för ett omvänt transkriptas, en närliggande gen och en lång rad upprepade DNA-sekvenser. Upprepningarna påminner om ett strukturellt drag hos CRISPR-system, som är kända för sin roll inom genredigering. En likhet i DNA-mönstret betyder dock inte att ART fungerar som CRISPR.91215

Ett omvänt transkriptas är ett enzym som kopierar RNA till DNA. En viktig skillnad i bedömningen av nyheten är att själva enzymet enligt rapporteringen redan var känt. Det Claude uppmärksammade var kopplingen till den närliggande genen och de upprepade DNA-sekvenserna. Att hitta den kombinationen är något annat än att visa hur den fungerar.13143

Från stor datasökning till laboratorietest

Enligt Anthropic fick Claude ett övergripande uppdrag att leta efter intressanta omvända transkriptaser i en stor databas med DNA-sekvenser. AI-agenter granskade enzymfamiljer och valde ut kandidater för forskarna. Människor angav alltså riktningen för sökningen och utförde laboratoriearbetet.15

Rapporteringen beskriver en sökning med omkring 950 agenter under 21 timmar, där 210 miljoner token användes. Fler än 200 000 omvända transkriptaser ska ha sållats ned till ungefär 3 500 möjligheter och sedan 20 slutkandidater.8911 De tillgängliga uppgifterna visar däremot inte exakt hur varje urvalssteg gick till eller att alla 20 kandidater beskrevs i detaljerade rapporter. Siffrorna säger något om sökningens omfattning, inte om att kandidaternas funktion har bevisats.

Forskarna fann i laboratoriet att DNA-sekvenserna med upprepningar ger upphov till korta RNA-molekyler.44 Det är en konkret observation att arbeta vidare med. Den visar inte att ART kan känna igen en utvald DNA-sekvens, klippa DNA på rätt ställe eller programmeras för att redigera gener. Vad systemet faktiskt gör är fortfarande oklart.31544

Är det ett genombrott?

Resultaten har presenterats som ett preprint, alltså en forskningsrapport som ännu inte har genomgått sakkunniggranskning.2044 För att avgöra fyndets betydelse behövs fler experiment om mekanismen och oberoende försök att upprepa resultaten. Påståenden om möjlig genredigering kräver dessutom att sådan förmåga faktiskt visas.

Bloomberg rapporterade att vissa utomstående experter ansåg att Anthropic överdrev fyndets betydelse.17 Mikrobiologen Philip Kranzusch uttryckte saken kärnfullt i The New York Times: ”Det är ännu inget genombrott.”18 Den invändningen gör inte AI-sökningen värdelös. Claude bidrog till att hitta en kombination av enzym, närliggande gen och DNA-upprepningar som gick att undersöka i laboratoriet.1544

Slutsatsen är därför både lovande och begränsad: ART är ett preliminärt biologiskt fynd, inte en bevisad motsvarighet till CRISPR. Dess funktion, nyhetsvärde och eventuella praktiska användning återstår att klarlägga.317