För att se detta fenomen på encellsnivå använde forskarna en ny teknik som kallas GAGE-seq (Genome Architecture and Gene Expression sequencing). Denna encellsmetod mäter samtidigt två saker i samma cell:
Teamet integrerade också dessa mätningar med spatiala transkriptomkartor från intakt hjärnvävnad, vilket gjorde det möjligt att se var i hjärnan dessa förändringar sker .
Utöver den experimentella upptäckten byggde forskarna ett datorverktyg för att utforska hur strukturella genomförändringar påverkar genreglering. De utvecklade Hicformer, en djupinlärningsbaserad AI-modell som analyserar:
Hicformer kan förutsäga cellspecifik genaktivitet utifrån dessa indata. Forskarna beskrev det som en virtuell testbädd för att förstå hur 3D-genomförändringar kan driva felaktig genreglering vid Alzheimers .
Denna studie ger den första bilden på encellsnivå av hur Alzheimers sjukdom omformar den fysiska arkitekturen av genomet inuti hjärnceller. Eftersom 3D-vikningen av DNA direkt styr vilka gener som uttrycks, erbjuder upptäckten av ”kompartmentblandning” en ny molekylär lins på sjukdomen. Resultaten kan fungera som en vägkarta för att identifiera terapeutiska mål som återställer korrekt genomorganisation och genexpression i drabbade nervceller .