Останки принадлежали женщине тридцати с небольшим лет и молодому мужчине примерно 20 лет. Их обнаружили на археологическом памятнике Камаронес-9 — поселении, связанном с инкской культурой и ранним испанским колониальным периодом в северном Чили .
Радиоуглеродная датировка указывает, что они умерли между 1492 и 1631 годами . Сухой климат пустыни Атакама естественным образом мумифицировал тела и сохранил фрагменты вирусной ДНК. Примечательно, что изначально образцы костей собирали для изучения человеческого генома, а не для поиска возбудителей инфекций .
В останках обоих людей выявили фрагменты ДНК Variola major — вируса, вызывающего оспу . Почти идентичные геномы указывают на то, что они могли заразиться во время одной вспышки или одним и тем же циркулировавшим штаммом . Исследователи назвали обнаруженную линию CAM9 — по названию места находки .
CAM9 относится к ныне исчезнувшей линии вируса натуральной оспы. Она отличается от штаммов, циркулировавших в XX веке, но занимает важное место в эволюционном дереве вируса: эта ветвь располагается между штаммами, известными по средневековой Европе, и более поздними линиями .
Филогенетический анализ показывает, что CAM9 является базальной — ранней ответвившейся — линией по отношению к ветви, которая позднее привела к разновидности «аластрим», или мягкой форме оспы, известной по образцам XX века . Общая ancestry с вирусами Старого Света поддерживает европейское происхождение найденной линии .
Сопоставив древние геномы с известными современными образцами, учёные оценили, что CAM9 отделилась от европейского предка примерно в XV–XVI веках. Это соответствует раннему периоду испанской колонизации . Даты смерти мумий, начинающиеся примерно с 1492 года, помещают оспу в Южную Америку уже в первое поколение после плаваний Колумба .
Исторические источники описывают тяжёлую эпидемию оспы в Андах в 1520–1530-х годах — в период, связанный с испанским завоеванием государства инков. Геномы CAM9 впервые дают физическое молекулярное свидетельство, соответствующее этой хронологии .
CAM9 не дожила до современной эпохи: линия, циркулировавшая в XVI веке, вымерла. Штаммы, которые распространялись позднее и в конечном счёте были уничтожены глобальной кампанией вакцинации, завершившейся искоренением оспы в 1980 году, происходят от другой, более молодой ветви .
Это указывает на то, что занос оспы в Америку, вероятно, не был единичным событием с одной неизменной линией вируса. Из Европы могли прибывать разные варианты, конкурировавшие между собой; лишь некоторые из них сохранились и стали доминирующими в последующие столетия .
Исследователи также отметили, что CAM9 уже перестала терять гены. Это означает, что к моменту появления в Америке вирус, имеющий зоонозное происхождение, уже хорошо адаптировался к человеку как к своему основному хозяину .
Она подтверждает историческую гипотезу на уровне ДНК. До этого роль оспы в сокращении численности коренных народов после 1492 года основывалась главным образом на исторических описаниях и косвенных данных. Теперь появилась первая прямая молекулярная опора для этой версии . Генетик патогенов и соавтор исследования Сигэки Накогоме назвал открытие «первым молекулярным подтверждением того, что оспа была принесена в Америку в колониальный период» .
Оно показывает эволюцию вируса как процесс, а не прямую линию. Исчезновение CAM9 свидетельствует, что разные варианты оспы могли появляться, конкурировать и вымирать, не обязательно становясь предками современных штаммов .
Оно открывает новый путь для палеогенетики. Успешное извлечение вирусной ДНК из мумий, сохранившихся в крайне сухом климате, может помочь исследовать и другие возбудители Старого Света — например, корь или туберкулёз, — которые могли распространяться после колониальных контактов .
За генетическими данными стоят человеческие судьбы. Эти два человека стали прямыми свидетельствами эпидемии, унёсшей неисчислимое число жизней среди коренных народов Америки, не имевших прежнего иммунитета к вирусу .
Геномы CAM9 — это не просто ещё один древний образец. Они соединяют археологические находки, исторические свидетельства и вирусную генетику, показывая, что оспа появилась в Америке после начала европейских контактов, а не существовала там задолго до них.
Две мумии из пустыни Атакама стали первым прямым генетическим свидетельством того, что вирус пересёк Атлантику вместе с европейской колонизацией — и оказался в центре одной из самых разрушительных эпидемиологических катастроф в истории человечества.