Um parecer jurídico confidencial de novembro de 2022, elaborado pelo Serviço Jurídico do Conselho da União Europeia, apontou que a minuta preparada pela Comissão feria o direito da UE e o direito internacional em múltiplos pontos :
Apesar das conclusões contundentes, a Comissão não revisou a minuta e deu continuidade às tratativas. O Conselho também não atualizou o mandato de negociação original, que data de 2018 .
Inteligência usada para matar: Eitan Diamond, especialista sênior do Centro de Direito Humanitário Internacional, alertou que os dados transferidos no âmbito do acordo "podem ser usados como inteligência para apoiar decisões de alvejar e matar palestinos" e que "a UE correria o risco de ter participação na privação arbitrária da liberdade das pessoas e na submissão delas a maus-tratos sistemáticos em condições infernais de detenção" .
Criminalização e restrições de movimento: O investigador Giacomo Zandonini avalia que a ameaça mais imediata está ligada à "criminalização, restrições de movimento e ao fornecimento de inteligência para agências israelenses" — mas ressalta que informações enviadas ao Shin Bet (serviço de segurança interna de Israel) também poderiam resultar em assassinatos seletivos .
Risco para a diáspora palestina e ativistas na Europa: Há preocupações de que dados de palestinos que vivem em países da UE possam ser compartilhados com Israel e usados para repressão política .
Legitimação da ocupação: O acordo estenderia formalmente a cooperação entre a UE e Israel aos territórios ocupados, contrariando a posição jurídica de longa data da União Europeia e o parecer consultivo de 2024 da Corte Internacional de Justiça (CIJ), que determinou que Israel deve encerrar sua presença ilegal nos territórios palestinos .
No final de julho de 2026, 27 eurodeputados apresentaram uma pergunta escrita exigindo que a Comissão esclarecesse o propósito de suas reuniões com Israel, o estado atual das negociações e os riscos para os direitos humanos . Até meados de agosto de 2026, a Comissão não havia emitido uma resposta pública substantiva.