Aby zobaczyć to zjawisko w rozdzielczości pojedynczej komórki, badacze wykorzystali nowatorską technologię o nazwie GAGE-seq (Genome Architecture and Gene Expression sequencing). Ta metoda jednocześnie mierzy dwie rzeczy w tej samej komórce:
Zespół zintegrował również te pomiary z przestrzennymi mapami transkryptomicznymi nienaruszonej tkanki mózgowej, co pozwoliło zobaczyć, gdzie w mózgu zachodzą te zmiany .
Oprócz odkrycia eksperymentalnego, badacze zbudowali narzędzie obliczeniowe, aby zbadać, jak zmiany strukturalne genomu zmieniają regulację genów. Opracowali Hicformer, model głębokiego uczenia oparty na sztucznej inteligencji, który analizuje:
Hicformer potrafi przewidzieć aktywność genów specyficzną dla danej komórki na podstawie tych danych wejściowych. Badacze opisali go jako obliczeniowe stanowisko testowe do zrozumienia, w jaki sposób zmiany w trójwymiarowym genomie mogą prowadzić do nieprawidłowej regulacji genów w chorobie Alzheimera .
To badanie dostarcza pierwszego wglądu w pojedynczej komórce, jak choroba Alzheimera przekształca fizyczną architekturę genomu wewnątrz komórek mózgu. Ponieważ trójwymiarowe składanie DNA bezpośrednio kontroluje, które geny są wyrażane, odkrycie „wymieszania przedziałów” oferuje nową molekularną perspektywę na tę chorobę. Wyniki mogą służyć jako mapa drogowa do identyfikacji celów terapeutycznych, które przywracają prawidłową organizację genomu i ekspresję genów w dotkniętych neuronach .