I henhold til avtalen som ble kunngjort i juni 2026, ble de 18 punktene redusert til ett: en forbrytelse (felony) for ulovlig oppbevaring av forsvarsinformasjon .
Aktoratet bygde saken sin på påstanden om at Bolton rutinemessig kompilerte gradert informasjon til meldinger og sendte dem via en personlig e-postkonto til familien . Denne korrespondansen ble deretter brukt som kildemateriale for memoarene hans fra 2020, The Room Where It Happened, selv om Bolton aldri formelt ble siktet for å ha publisert gradert informasjon i selve boken .
Under etterforskningen ransaket FBI-agenter Boltons hjem i Maryland i august 2025 og oppdaget senere dokumenter med graderingsmerking på kontoret hans i Washington, D.C. .
Den økonomiske straffen er betydelig. Bolton gikk med på å betale en bot på 2,25 millioner dollar . Mens den lovbestemte maksimumsstraffen for anklagen er ti år, setter avtalen et tak for enhver fengselsstraff til maksimalt 60 måneder (fem år) . Avgjørende er det at avtalen holder døren åpen for forsvaret hans til å gå inn for betinget dom uten fengsling .
Bolton tjenestegjorde som Trumps nasjonale sikkerhetsrådgiver fra 2018 til 2019 før han ble en hard kritiker av administrasjonens nasjonale sikkerhetsstrategi . Da FBI ransaket hjemmet hans i august 2025, presset Trump offentlig Justisdepartementet til å forfølge sine politiske motstandere, noe som førte til utbredt spekulasjon om at etterforskningen var politisk motivert. Bolton selv har tilskrevet siktelsene at Trump «bevæpner Justisdepartementet» mot sine fiender .
Saken hans fant ikke sted i et vakuum. Han ble den tredje fremtredende Trump-kritikeren som ble utsatt for føderal rettsforfølgelse i løpet av en kort periode .
Et nytt rettsmøte for formell påstand (rearraignment) er berammet til 26. juni 2026 i en føderal domstol i Maryland for distriktsdommer Theodore Chuang, utnevnt av Obama. Under dette møtet forventes Bolton formelt å endre sin påstand fra «ikke skyldig» til «skyldig» . Selv om avtalen mellom Boltons advokater og påtalemyndigheten er bekreftet, er dens fulle detaljer ennå ikke offentliggjort . Et eget møte for straffeutmåling vil bli berammet på et senere tidspunkt.