Om dit fenomeen met resolutie op het niveau van individuele cellen te zien, gebruikten de onderzoekers een nieuwe technologie genaamd GAGE-seq (Genome Architecture and Gene Expression sequencing). Deze methode meet tegelijkertijd twee dingen in dezelfde cel:
Het team integreerde deze metingen ook met ruimtelijke transcriptomische kaarten van intact hersenweefsel, zodat ze konden zien waar in de hersenen deze veranderingen optreden .
Naast de experimentele ontdekking bouwden de onderzoekers een computationeel hulpmiddel om te onderzoeken hoe structurele genoomveranderingen de genregulatie beïnvloeden. Ze ontwikkelden Hicformer, een deep-learning AI-model dat analyseert:
Hicformer kan celspecifieke genactiviteit voorspellen op basis van deze inputs. De onderzoekers beschreven het als een computationele testomgeving om te begrijpen hoe 3D-genoomveranderingen genmisregulatie bij Alzheimer kunnen veroorzaken .
Deze studie geeft de eerste weergave op het niveau van individuele cellen van hoe de ziekte van Alzheimer de fysieke architectuur van het genoom in hersencellen hervormt. Omdat de 3D-vouwing van DNA direct controleert welke genen tot expressie komen, biedt de ontdekking van “compartimentvermenging” een nieuwe moleculaire bril op de ziekte. De bevindingen kunnen dienen als een routekaart voor het identificeren van therapeutische aangrijpingspunten die de juiste genoomorganisatie en genexpressie in aangetaste neuronen herstellen .