Doha menolak sepenuhnya versi Tehran. Qatar berkata pesawat Iran telah menceroboh ruang udara dan kedaulatannya, lalu tindakan pertahanan diambil mengikut undang-undang antarabangsa.
Qatar juga mendakwa pasukan mencari dan menyelamatnya menemukan mayat seorang juruterbang, sebelum menyerahkannya kepada delegasi Iran. Berdasarkan perkara itu, Doha berkata tiada juruterbang Iran yang terselamat untuk ditahan.
Qatar menyifatkan dakwaan penahanan tersebut sebagai tidak berasas dan palsu. Pendirian terbuka Doha secara langsung bercanggah dengan dakwaan Iran bahawa tiga juruterbang yang dinamakan itu masih hidup, berada dalam tahanan Qatar dan mengalami masalah kesihatan.
Pertikaian utama bukan hanya tentang nasib juruterbang berkenaan, tetapi juga tentang siapa yang dibenarkan memeriksa bukti. Iran mendakwa Qatar berulang kali melengah-lengahkan atau menghalang kemasukan pasukan pencari fakta dan teknikal Tentera Udara Iran yang ditugaskan menentukan nasib ketiga-tiga juruterbang itu.
Qatar memberikan penjelasan berbeza. Doha berkata pihaknya telah menjemput pakar Iran untuk memeriksa hasil operasi mencari dan menyelamat serta meneliti mayat yang ditemukan, tetapi Tehran tidak menjawab jemputan tersebut. Qatar turut mengkritik permintaan Iran yang melibatkan Kor Pengawal Revolusi Islam (IRGC), dengan menyifatkannya sebagai usaha mencari publisiti.
Tanpa akses yang dipersetujui kedua-dua pihak, tiada satu pun versi dapat diselesaikan melalui siasatan bersama yang diiktiraf oleh Iran dan Qatar. Persoalan sama ada ketiga-tiga juruterbang itu terselamat, ditahan atau telah meninggal dunia masih dipertikaikan dalam laporan awam.
Walaupun Doha menafikan dakwaan tersebut, Iran memilih untuk menganggap tiga juruterbang berkenaan sebagai tahanan di Qatar. Kementerian Luar Iran berkata Tehran akan terus menggunakan saluran dua hala, pelbagai hala dan undang-undang untuk mendapatkan penjelasan tentang nasib mereka.
Pendirian itu membolehkan Iran meneruskan tekanan diplomatik terhadap Qatar, di samping mengekalkan dakwaan bahawa ketiga-tiga lelaki itu masih hidup dan berhak mendapat akses kemanusiaan. Namun, keengganan Qatar mengakui dakwaan penahanan itu bermakna belum ada asas yang dipersetujui bersama untuk lawatan ICRC, pemindahan perubatan atau rekod bersama mengenai insiden 2 Mac tersebut.
Berdasarkan laporan yang tersedia, kesimpulan yang boleh dibuat masih terhad:
Dakwaan paling penting — iaitu penahanan berterusan, keadaan kesihatan juruterbang dan lokasi sebenar mereka — masih merupakan dakwaan, bukan fakta yang telah disahkan secara bebas.