このブームに対し、これらの戦略を支えてきた主要カストディアンが警告を発している。
ダイレクト・インデックスのレバレッジ型ロングショート版には、運用管理手数料、取引手数料、そして調達コストがかかる。140/40のレバレッジ戦略では、税引き後の調達コストだけで年率約0.23%に上る。Elm Wealthの詳細な分析によると、一般的な投資家にとって、レバレッジ型ロングショート・ダイレクト・インデックスの運用会社に支払う手数料は、節税効果の半分以上を食い潰し、結果として単純なETFを購入した場合よりも税引き後の期待リターンが低下するという。
AQR自身の研究でも、ダイレクト・インデックス戦略の税効果は「時間の経過とともにかなり急速に減衰する」ことが示されている。新たな資金を追加で投入しない限り、長期的な税効果を享受できるのは、他の源泉から系統的に短期キャピタルゲインを得ている投資家に限られる。他の源泉から長期キャピタルゲインしか得ていない投資家の場合、AQRによれば、税効果は「開始から約5年でゼロになる」という。過去のシミュレーションでは、ダイレクト・インデックスは通常、初期投資額の約30%を累積純損失として実現した後、収穫可能な機会を使い果たす。
ETFの代わりに個別株を保有することは、必然的にトラッキングエラーを生む。ポートフォリオがベンチマークから乖離するのだ。Rain Dog Financialのホワイトペーパーは、ダイレクト・インデックスは「コストを増加させ、効果的なタックスロス・ハーベスティングを損なう」と主張し、カスタマイズ化は「トラッキングエラーを招き、パッシブ運用からアクティブ運用へとドリフトさせる代償」を伴うと指摘している。
ダイレクト・インデックスの個別勘定(SMA)に投資していた退職者の事例は、警告的な教訓を提供する。この口座は、初期バスケットの一部として高コストで購入したロッキード・マーティン株を保有していた。ロッキード株が急落した際、戦略は自動的に損切り(タックスロス・ハーベスティング)を実行した。しかし、この投資家はその銘柄からポートフォリオ収入を得ており、売却するつもりはなかった。結果として、本来なら持ちこたえていたであろう損失を強いられ、永続的な実際のキャピタルロスを被った。代わりに購入した代替証券は利回りが低く、元の収入ニーズを満たさなかった。この例は、タックスロス・ハーベスティングが機械的で無差別に実行されること、そして各ポジションのウェイトが大きい小規模ポートフォリオでは、実現した損失が先送りした税金よりも大きな打撃になり得ることを示している。
金融専門家の間では、これらの戦略は、大規模な課税ポートフォリオ、頻繁な短期キャピタルゲイン、追加資金を投入できる富裕層に最も適しているという点で意見が一致している。一般の投資家にとっては、手数料、トラッキングエラー、追証リスク、減衰する税効果の組み合わせが、節税効果を上回る。シュワブ金融研究センターは、理想的な条件下ではタックスロス・ハーベスティングは税引き後リターンを1~2%向上させると試算するが、その計算は低コストで損失が十分に大きいことを前提としており、小規模口座ではその前提が崩れる。