Un lignaggio "super-arcaico" — un gruppo ominino profondamente divergente, risalente a circa 1,8 milioni di anni fa, che si è incrociato con gli antenati dei Denisovani. Il DNA di questo lignaggio è poi passato agli Homo sapiens attraverso i Denisovani stessi .
A differenza dei metodi precedenti, TRACE è in grado di rilevare tracce di incroci arcaici nei genomi moderni senza bisogno di DNA fossile di riferimento. Ciò significa che può trovare antenati "fantasma" — popolazioni estinte di cui non esiste alcun resto fossile noto — semplicemente analizzando le ricombinazioni genetiche nei genomi delle persone di oggi .
I lignaggi fantasma e super-arcaico sono ricostruzioni statistiche ottenute dai genomi moderni. Nessun fossile o DNA antico è stato ancora direttamente collegato a essi. Un possibile candidato per il gruppo super-arcaico è Homo erectus, ma al momento non ci sono conferme .