Masalah teknis yang lebih serius datang dari rangkaian misi sampingan Templar Hunt. Bug ini dapat terjadi ketika pemain meninggalkan rangkaian misi tersebut dalam keadaan belum selesai, lalu memicu misi cerita utama di wilayah yang sama.
Kedua jalur misi itu dapat saling "mengunci", menciptakan kondisi softlock yang memaksa pemain kembali ke penyimpanan sebelumnya. Jurnalis Stephen Totilo melaporkan kehilangan lima jam progres akibat masalah ini .
Untuk sementara, pemain disarankan segera menuntaskan setiap rangkaian Templar Hunt setelah menerimanya dan tidak membiarkannya terbengkalai. Ubisoft telah mengakui masalah tersebut dan menyatakan bahwa perbaikannya sedang disiapkan .
Kontroversi lain berkaitan dengan monetisasi. Edisi standar Black Flag Resynced dibanderol $60, tetapi berbagai paket DLC dan microtransaction opsional yang tersedia saat peluncuran jika dijumlahkan bernilai sekitar $84–$85 .
Pemain menganggap biaya tambahan itu berlebihan, terutama karena game ini merupakan remake berharga penuh dari judul tahun 2013. Kritik mencakup pembelian kosmetik kapal, pakaian karakter, hingga peta yang membantu menemukan harta tersembunyi .
Menanggapi ulasan negatif di Steam, Ubisoft menegaskan bahwa paket-paket tersebut "sepenuhnya opsional" dan "tidak pernah menjadi keharusan untuk menikmati atau menamatkan game" . Namun, banyak ulasan pengguna tetap menjadikan monetisasi sebagai alasan utama pemberian nilai negatif atau campuran, meski kualitas remake-nya sendiri mendapat pujian .
Di PC, cutscene terkunci pada 30 FPS apabila Raytracing, BVH, atau Terrain Quality diatur ke Ultra High. Ubisoft mencatatnya sebagai masalah yang telah diketahui dan menjanjikan perbaikan dalam pembaruan mendatang .
Solusi sementara yang disarankan adalah mengatur ulang Overall Preset ke salah satu preset bawaan, lalu tidak mengubah tiga opsi tersebut secara manual ke Ultra High. Pengaturan ini memang dapat membantu menghindari batas 30 FPS, tetapi pemain harus mengorbankan sebagian fleksibilitas konfigurasi grafis hingga patch permanen dirilis .
Assassin's Creed Black Flag Resynced dirilis pada 9 Juli 2026 dan memperoleh sambutan kritikus yang relatif positif, dengan skor 84 di Metacritic. Di Steam, jumlah pemain bersamaan saat peluncuran juga mencapai sekitar 95.000–98.000 .
Namun, respons pemain jauh lebih terpecah. Penilaian pengguna di Steam sempat bergerak dari Mostly Negative ke Mixed, dengan persentase ulasan positif yang berada di kisaran 42–65 persen, tergantung waktu pengambilan data .
Empat isu utama—spoiler dari database Animus, bug Templar Hunt yang berpotensi menghilangkan progres, monetisasi hari pertama, dan batas 30 FPS pada cutscene PC—membuat pekan pertama remake ini berlangsung jauh dari mulus. Ubisoft telah menanggapi kritik soal pembelian tambahan dan mengonfirmasi bahwa perbaikan untuk masalah teknis sedang dikerjakan.