Pandangan itu kini sedang direvisi. Seperti yang dikemukakan oleh sebuah studi tahun 2019, para peneliti mulai "menantang keyakinan umum bahwa symbiosome adalah fagosom yang terhenti sejak awal." Sebaliknya, mereka mengusulkan bahwa symbiosome "secara fungsional menyerupai lisosom" .
Sebuah studi tahun 2025 tentang ubur-ubur terbalik Cassiopea xamachana memberikan beberapa bukti paling jelas hingga saat ini . Para peneliti menemukan bahwa membran symbiosome — membran yang mengelilingi sel alga di dalam inang — mengandung pompa proton V-H⁺-ATPase (VHA). VHA adalah pompa proton yang sama yang biasanya mengasamkan fagosom dan lisosom di semua sel eukariotik. Mereka juga menemukan bahwa lumen symbiosome "sangat asam" dan bahwa penghambatan VHA atau karbonat anhidrase mengganggu simbiosis .
Temuan ini selaras dengan atlas sel karang batu yang menggambarkan simbion dinoflagellata sebagai berada di dalam "organel mirip lisosom di dalam sel inang" . Atlas tersebut menunjukkan bahwa kompartemen ini, bukannya inert, terkait dengan jalur pencernaan.
Uji paling langsung dari hipotesis ini berasal dari sebuah pracetak tahun 2025 (belum menjadi makalah Cell yang diterbitkan) dari UC Berkeley dan lembaga mitra . Dengan menggunakan anemon laut Aiptasia — model yang mapan untuk simbiosis karang — para peneliti menghasilkan proteom berkualitas tinggi dari symbiosome.
Apa yang mereka temukan sangat mencolok: symbiosome diperkaya dengan protein lisosom. Mereka memvisualisasikan fusi lisosom dengan symbiosome. Dan yang terpenting, ketika mereka menggunakan CRISPR/Cas9 untuk 'meng-knock down' gen lisosom — termasuk transporter bikarbonat/sulfat — simbiosis berkurang secara signifikan . Ini memberikan bukti genetik langsung pertama bahwa identitas lisosom dari symbiosome penting secara fungsional.
Pekerjaan yang dipimpin UC Berkeley tidak menggunakan CRISPR secara langsung pada karang Galaxea fascicularis, tetapi G. fascicularis telah dipelajari secara ekstensif dalam karya terkait. Sebuah studi profil transkriptom menemukan integrasi metabolisme yang dalam antara inang karang dan simbion Symbiodinium-nya, yang melibatkan vitamin, kofaktor, asam amino, asam lemak, dan metabolit sekunder . Studi lain menetapkan G. fascicularis sebagai sistem model baru yang menjanjikan untuk penelitian simbiosis, menunjukkan bahwa karang dewasa yang mengalami pemutihan dapat membangun kembali simbiosis dengan simbion non-asli .
Secara lebih luas, hipotesis pembajakan lisosom ini cocok dengan mekanisme lain yang diketahui. Sebuah studi tahun 2022 menunjukkan bahwa sel inang karang menggunakan saluran mirip Rhesus pada membran symbiosome untuk mengontrol pengiriman nitrogen ke alga, dengan protein yang berpindah ke dan dari membran symbiosome sepanjang hari . Sebuah studi tahun 2019 menemukan bahwa pensinyalan mTORC1 yang bergantung pada nutrisi, sebuah jalur yang terkait dengan fungsi lisosom, beroperasi dalam simbiosis karang-alga .
Penemuan bahwa alga menghuni kompartemen mirip lisosom memiliki implikasi besar untuk memahami bagaimana simbion ini dapat menginfeksi berbagai macam inang — dari ubur-ubur hingga karang batu hingga anemon laut.
Jika symbiosome pada dasarnya adalah kompartemen pencernaan yang dialihfungsikan, maka kunci infeksi yang berhasil bukanlah menghindari pencernaan sama sekali, melainkan mengendalikannya. Alga menggunakan lingkungan yang asam dan kaya enzim untuk keuntungan mereka — memicu pelepasan gula dari dinding sel mereka sendiri (melvia selulase yang diaktifkan pada pH rendah) dan menerima pasokan nitrogen dan karbon yang stabil dari inang .
Ini juga menjelaskan mengapa beberapa alga adalah simbion yang lebih sukses daripada yang lain. Studi menunjukkan bahwa pembentukan simbiosis tidak acak: karang secara selektif mengambil jenis alga tertentu, dan mesin molekuler pada membran symbiosome menentukan alga mana yang tinggal dan mana yang dicerna .
Pemutihan karang — rusaknya simbiosis di bawah tekanan panas — telah lama menjadi misteri di tingkat sel. Model pembajakan lisosom yang baru ini menawarkan penjelasan potensial. Jika identitas lisosom dari symbiosome dipertahankan oleh keseimbangan sinyal yang rapuh dari inang dan alga, maka pemicu stres lingkungan seperti suhu yang meningkat dapat mengganggu keseimbangan itu, mengubah lisosom yang dikelola menjadi lisosom yang destruktif.
Bukti untuk ini termasuk studi tahun 2023 yang menemukan korelasi negatif yang kuat antara kandungan lipid dan fluoresensi membran symbiosome selama tekanan pemutihan, menunjukkan bahwa hilangnya simbiosis terkait dengan perubahan pada membran symbiosome . Karya lain telah mengidentifikasi jalur respons imun dan stres spesifik yang diaktifkan dalam simbiosis dan disbiosis .
Penting untuk dicatat bahwa klaim spesifik tentang makalah Cell yang diterbitkan dari UC Berkeley yang menggunakan CRISPR pada Galaxea fascicularis tidak dapat diverifikasi dari sumber yang tersedia . Pekerjaan CRISPR dilakukan pada Aiptasia dan dilaporkan dalam pracetak bioRxiv. Tidak ada artikel Cell yang diterbitkan yang sesuai dengan deskripsi persis itu yang ditemukan dalam sumber yang disediakan.
Namun, konvergensi bukti — dari ubur-ubur, anemon laut, beberapa spesies karang, dan atlas sel tunggal — sangat mendukung model bahwa ko-opsi mesin lisosom adalah mekanisme fundamental dari simbiosis cnidarian-alga.
'Symbiosome' bukanlah sekadar rumah aman. Ia adalah kompartemen dinamis mirip lisosom yang secara aktif dikelola oleh sel inang karang untuk mendukung pasangan fotosintetiknya. Pemahaman yang direvisi ini, yang didukung oleh proteomik, CRISPR, dan biologi sel, memiliki implikasi langsung untuk mengapa beberapa alga kompatibel dengan banyak inang, dan mengapa stres termal akibat perubahan iklim dapat memutus kemitraan ini — yang menyebabkan peristiwa pemutihan karang yang mengancam terumbu karang di seluruh dunia.