Base editing adalah versi modifikasi dari CRISPR yang tidak membuat potongan untai ganda DNA (DSB) . Sebaliknya, ia menggunakan Cas9 yang dimodifikasi (tidak aktif memotong) yang digabungkan dengan enzim deaminase untuk secara langsung mengubah satu basa DNA menjadi basa lainnya (misalnya, C→T atau A→G) .
Keunggulan utama base editing adalah menghindari kekacauan struktural (delesi besar, translokasi) yang sering disebabkan oleh DSB yang diinduksi Cas9, menjadikannya jauh lebih bersih di lokasi target . Namun, base editing tetap memiliki risiko sendiri, seperti pengeditan di luar target (off-target) dan