इस बढ़ते क्रेज़ का असर अब उन कस्टोडियनों पर भी पड़ रहा है जिन्होंने इसे संभव बनाया:
डायरेक्ट इंडेक्सिंग के लीवरेज्ड लॉन्ग-शॉर्ट वर्ज़न में फंड प्रबंधन शुल्क, ट्रेडिंग कमीशन और फ़ाइनेंसिंग शुल्क शामिल हैं। 140/40 की लीवरेज्ड रणनीति में सिर्फ़ टैक्स के बाद फ़ाइनेंसिंग लागत लगभग 0.23% सालाना है । Elm Wealth के एक विस्तृत विश्लेषण में पाया गया कि एक सामान्य निवेशक के लिए, लीवरेज्ड लॉन्ग/शॉर्ट डायरेक्ट इंडेक्सिंग मैनेजर को दी जाने वाली फ़ीस, उससे होने वाली कुल टैक्स बचत के आधे से अधिक को खा जाती है। इसका मतलब है कि निवेशक को एक सामान्य ETF खरीदने की तुलना में टैक्स के बाद कम अपेक्षित रिटर्न मिलता है ।
AQR के अपने शोध से पता चलता है कि डायरेक्ट-इंडेक्सिंग रणनीतियों के कर लाभ 'समय के साथ बहुत जल्दी खत्म हो जाते हैं' । बिना अतिरिक्त पूंजी के, यह लाभ सिर्फ़ उन निवेशकों के लिए सीमित रह जाता है जिनके पास अन्य स्रोतों से नियमित अल्पकालिक पूंजीगत लाभ (शॉर्ट-टर्म कैपिटल गेन) होता है। AQR के अनुसार, जिन निवेशकों के पास केवल दीर्घकालिक पूंजीगत लाभ (लॉन्ग-टर्म कैपिटल गेन) है, उनके लिए यह कर लाभ 'शुरुआत के लगभग पाँच वर्षों के बाद शून्य हो जाता है' । ऐतिहासिक सिमुलेशन बताते हैं कि डायरेक्ट इंडेक्सिंग आमतौर पर हार्वेस्ट करने योग्य अवसरों के समाप्त होने से पहले, प्रारंभिक निवेशित पूंजी का केवल लगभग 30% ही संचयी शुद्ध घाटे में बदल पाती है ।
एक इंडेक्स के अलग-अलग शेयर खरीदने पर ETF की तुलना में ट्रैकिंग एरर होना तय है। यानी आपका पोर्टफ़ोलियो बेंचमार्क से भटक जाएगा । Rain Dog Financial की एक रिपोर्ट के अनुसार, डायरेक्ट इंडेक्सिंग 'लागत बढ़ाती है और प्रभावी टैक्स लॉस हार्वेस्टिंग को कमज़ोर करती है' और यह व्यक्तिगतकरण 'ट्रैकिंग एरर को बढ़ावा देने, निष्क्रिय प्रबंधन से सक्रिय प्रबंधन की ओर बढ़ने' की कीमत पर आता है ।
एक सेवानिवृत्त निवेशक की कहानी बहुत कुछ सिखाती है। उनके पास एक डायरेक्ट-इंडेक्सिंग SMA अकाउंट था, जिसमें शुरुआती निवेश के दौरान ऊँची कीमत पर खरीदे गए लॉकहीड मार्टिन के शेयर थे। जब लॉकहीड के शेयरों में भारी गिरावट आई, तो रणनीति ने अपने आप उस नुकसान को 'हार्वेस्ट' करने के लिए शेयर बेच दिए। समस्या यह थी कि निवेशक उस विशेष स्टॉक से अपने पोर्टफ़ोलियो के लिए आय प्राप्त कर रहे थे और वे उसे बेचना नहीं चाहते थे। उन्हें एक ऐसा वास्तविक नुकसान उठाने पर मजबूर होना पड़ा, जिसे वे झेल सकते थे । इस बिक्री ने एक स्थायी पूंजीगत नुकसान पैदा किया, न कि सिर्फ़ एक टैक्स ऑफ़सेट। दूसरे शेयर में पुनर्निवेश ने उन्हें कम आय वाली पोजीशन दी, जो उनकी मूल आय की ज़रूरतों को पूरा नहीं कर पाई । यह घटना दर्शाती है कि टैक्स-लॉस हार्वेस्टिंग एक यंत्रवत और अंधाधुंध प्रक्रिया है, और छोटे पोर्टफ़ोलियो के लिए यह असली नुकसान टैक्स बचत से कहीं अधिक बुरा हो सकता है।
वित्तीय विशेषज्ञों का सर्वसम्मत मानना है कि ये रणनीतियाँ केवल उन हाई-नेट-वर्थ निवेशकों के लिए उपयुक्त हैं जिनके पास बड़े टैक्सेबल पोर्टफ़ोलियो, बार-बार शॉर्ट-टर्म कैपिटल गेन और नई पूंजी जोड़ने की क्षमता हो। आम निवेशकों के लिए, फ़ीस, ट्रैकिंग एरर, मार्जिन जोखिम और घटते कर लाभों का मतलब है कि 'इलाज अक्सर बीमारी से भी बदतर होता है' । Schwab Center for Financial Research का अनुमान है कि आदर्श परिस्थितियों में टैक्स-लॉस हार्वेस्टिंग टैक्स के बाद रिटर्न में 1-2 प्रतिशत अंक जोड़ सकती है, लेकिन यह गणना कम लागत और इतने बड़े नुकसान पर निर्भर करती है जो छोटे खातों में संभव नहीं है ।