על פי ההסדר שהוכרז ביוני 2026, 18 הסעיפים צומצמו לאחד ויחיד: אישום חמור של החזקה בלתי חוקית של מידע ביטחוני לאומי .
התביעה ביססה את התיק שלה על הטענה שבולטון באופן שיטתי איגד מידע מסווג לכדי הודעות, ושלח אותן דרך חשבון אימייל פרטי לבני משפחתו . חלופת המכתבים הזו שימשה לאחר מכן כחומר גלם לספר הזיכרונות שלו משנת 2020, "החדר שבו זה קרה" (The Room Where It Happened), על אף שבולטון מעולם לא הואשם רשמית בפרסום מידע מסווג בספר עצמו .
במהלך החקירה, סוכני FBI ערכו חיפוש בביתו של בולטון במרילנד באוגוסט 2025, ומאוחר יותר גילו מסמכים עם סיווג ביטחוני במשרדו בוושינגטון הבירה .
העונש הכספי הוא משמעותי. בולטון הסכים לשלם קנס בסך 2.25 מיליון דולר . בעוד שהעונש המקסימלי הקבוע בחוק עבור האישום בו יודה הוא עשר שנות מאסר, הסדר הטיעון מגביל כל תקופת כליאה בפועל ללא יותר מ-60 חודשים (חמש שנים) . באופן מכריע, ההסכם משאיר את הדלת פתוחה בפני צוות ההגנה של בולטון לטעון לגזר דין של מאסר על תנאי ללא כליאה כלל .
בולטון שימש כיועץ לביטחון לאומי של הנשיא טראמפ בין השנים 2018 ל-2019, לפני שהפך לאחד המבקרים החריפים של אסטרטגיית הביטחון הלאומי של הממשל . עד שהאף-בי-איי פשט על ביתו באוגוסט 2025, טראמפ כבר לחץ בפומבי על משרד המשפטים לרדוף את יריביו הפוליטיים. הלחץ הציבורי הוביל להשערות נרחבות שהחקירה מונעת ממניעים פוליטיים . בולטון עצמו ייחס את האישומים לניסיון של טראמפ "לגייס את משרד המשפטים כנשק" נגד אויביו .
התיק שלו לא התקיים בחלל ריק. הוא היה המבקר הבולט השלישי של טראמפ שעמד לדין פלילי תוך תקופה קצרה .
דיון "הקראה חוזרת" (Rearraignment) לצורך שינוי ההרשעה נקבע ל-26 ביוני 2026, בבית המשפט הפדרלי במרילנד בפני השופט המחוזי תיאודור צ'ואנג, מינוי של הנשיא אובמה. בדיון זה צפוי בולטון לשנות רשמית את כפירתו באשמה ולהודות בה . בעוד שהסדר הטיעון שהושג בין עורכי דינו של בולטון לתובעים אושר, פרטיו המלאים טרם פורסמו לציבור . דיון גזר הדין ייקבע למועד מאוחר יותר.