תקלה חמורה הקשורה לשרשראות משימות הצד Templar Hunt עלולה לגרום לאובדן שעות של התקדמות. לפי הדיווחים, הבעיה מתרחשת כאשר משאירים שרשרת משימות לא גמורה באזור מסוים, ולאחר מכן מפעילים משימת עלילה מרכזית באותו אזור. שתי שרשראות המשימות עלולות "לחסום" זו את זו וליצור נעילה רכה, שמאלצת את השחקן לחזור לשמירה מוקדמת יותר.
העיתונאי סטיבן טוטילו דיווח כי איבד חמש שעות משחק בגלל התקלה . ההמלצה הזמנית לשחקנים היא להשלים כל שרשרת של ציד טמפלרים מיד עם קבלתה, ולא להשאיר אותה פתוחה עד שהמשחק יתוקן. Ubisoft אישרה שהבאג מוכר לה וציינה שתיקון נמצא בדרך .
גם מודל המונטיזציה הפך למוקד ביקורת מרכזי. המהדורה הרגילה עולה 60 דולר, אך חבילות ה-DLC והמיקרו-רכישות שהוצעו עם ההשקה מסתכמות יחד בכ-84–85 דולר נוספים. עבור מעריצים רבים, התמחור הזה נתפס כמוגזם במיוחד במשחק מחודש שמבוסס על כותר מ-2013 .
בין התוספות ניתן למצוא פריטי קוסמטיקה לספינה, תלבושות לדמות ומפות שמסייעות באיתור אוצרות. Ubisoft הגיבה ישירות לביקורות שליליות ב-Steam והדגישה כי "החבילות הנוספות הן תוספות אופציונליות לחלוטין" וכי הן "לעולם אינן חובה כדי ליהנות מהמשחק או להשלים אותו" .
למרות שביקורות רבות משבחות את איכות הגרסה המחודשת עצמה, משתמשים רבים מציינים את המונטיזציה כסיבה העיקרית לדירוג שלילי או מעורב .
שחקני PC נתקלים גם בבעיה טכנית: סצנות המעבר ננעלות ל-30 פריימים לשנייה כאשר אחת מהאפשרויות Raytracing, BVH או Terrain Quality מוגדרת ל-Ultra High.
Ubisoft הכירה בתקלה והציעה פתרון זמני: לאפס את הגדרות הגרפיקה הכלליות לאחת מתבניות ברירת המחדל, ולהימנע מהגדרה ידנית של שלוש האפשרויות האלה ל-Ultra High. תיקון קבוע מוגדר ככזה שיגיע "בקרוב" .
Assassin's Creed Black Flag Resynced הושק ב-9 ביולי 2026 וזכה לקבלת פנים ביקורתית חיובית יחסית, עם ציון 84 ב-Metacritic. במקביל, הוא הגיע לכ-95–98 אלף שחקנים בו-זמנית ב-Steam .
אלא שב-Steam התמונה מורכבת יותר: דירוגי המשתמשים נעו במהלך הימים הראשונים בין "שלילי ברובו" ל"מעורב", עם שיעור חיובי שנע בערך בין 42% ל-65%, בהתאם למועד הבדיקה .
ארבעה נושאים עמדו במרכז הסערה: ספוילר שנוצר בגלל מאגר האנימוס, באג שעלול למחוק התקדמות, היקף גדול של תוספות בתשלום כבר ביום ההשקה ותקרת 30 FPS בסצנות במחשב. Ubisoft הגיבה בפומבי לביקורת על המונטיזציה ואישרה שתיקונים לבעיות הטכניות נמצאים בתהליך.