למחרת, פתח הצבא הפקיסטני במה שתואר כ"מבצע קרקעי מודיעיני" במחוז באג'אור בצדו שלו בגבול, ולאחר מכן ב"תקיפות מכוילות" — כולל תקיפות אוויריות מדויקות — מעבר לגבול לתוך אפגניסטן . שר ההסברה, אתאוללה טראר, אישר כי שלושה יעדים במחוזות האפגניים פקטיה, פקטיקה וקונאר הושמדו .
לאחר הפיגוע בקראצ'י והתקיפות חוצות הגבול, טענו גורמים פקיסטניים כי הפיגוע בוצע על ידי "שליח הודי" . ההאשמה משתלבת בדפוס מוכר: פקיסטן טוענת שוב ושוב שהודו תומכת בקבוצות חמושות הפועלות משטח אפגניסטן נגד פקיסטן .
תגובת הודו הייתה מהירה וחד-משמעית. דובר משרד החוץ, רנדיר ג'ייסוואל, כינה את ההאשמות "חסרות בסיס" והפציר ברשויות הפקיסטניות "להסתכל פנימה" ולנקוט בפעולה אמינה נגד תשתיות הטרור על אדמתן במקום להאשים אחרים .
הודו גם גינתה את התקיפות חוצות הגבול עצמן. באו"ם, ב-9 ביוני 2026, האשימה הודו את פקיסטן בהפרת ריבונות אפגניסטן ובגרימת נפגעים אזרחיים . מוקדם יותר בסכסוך, תיארה הודו את התקיפות האוויריות הפקיסטניות כניסיון "לחצין את כשליה הפנימיים" .
הסתייגות חשובה: אלו הצהרות של ממשלת הודו. אין ראיה ציבורית בלתי-תלויה המאשרת או מפריכה את הטענה הספציפית של פקיסטן בדבר שליח הודי בפיגוע בקראצ'י. הטענה נותרה שנויה במחלוקת.
לא ניתן להבין את התקיפות מיוני 2026 במנותק. הן ההתלקחות האחרונה והגדולה ביותר בסכסוך שהסלים בהתמדה מאז קריסת הפסקת אש ממו"מ.
לאחר כמה מעימותי הגבול הקטלניים ביותר מזה שנים, גובשה הפסקת אש בתיווך טורקיה וקטאר בסוף אוקטובר 2025. שני הצדדים הסכימו להאריכה באמצעות שיחות באיסטנבול שכללו מנגנון ניטור ואימות .
השיחות נכשלו כמעט מיד. דובר הטליבאן, זביהוללה מוג'אהיד, הודיע ב-8 בנובמבר כי המשא ומתן התפוצץ, בעיקר משום שפקיסטן התעקשה שהטליבאן האפגני ינקוט פעולה נגד ה-TTP — דרישה שקאבול דחתה כחורגת מ"יכולתה" . הפסקת האש החזיקה מעמד על הנייר אך הפכה חלולה יותר ויותר.
הפסקת האש התנפצה באלימות ב-26–27 בפברואר, כשפקיסטן ביצעה תקיפות אוויריות על מתקנים צבאיים של הטליבאן בקאבול, קנדהאר ופקטיה, בטענה כי מדובר בתגמול על התקפות טרנס-גבוליות של ה-TTP. שר ההגנה הפקיסטני, חוואג'ה אסיף, הכריז בפומבי כי המדינות מצויות כעת ב**"מלחמה פתוחה"** . אפגניסטן הגיבה באש מהגבול ובתקיפות משלה .
הפוגה קצרה במרץ, שהוכרזה לקראת עיד אל-פיטר, פגה ואחריה התחדשה הלחימה שהרגה לפחות שני אזרחים בקונאר . מתקפת TTP גדולה על עמדת ביטחון פקיסטנית במאי הרגה מספר לוחמים, ושחקה כל איפוק שנותר .
ימים ספורים לפני הפיגוע בקראצ'י, ביצעה אפגניסטן תקיפות אוויריות על מה שכינתה "מחבואי חמושים" ו"גורמי ביון עוינים" בתוך פקיסטן, והעלתה את המתיחות לשיא חדש .
המבצע הקרקעי והתקיפות המדויקות של פקיסטן, שהרגו 29 חמושים, מייצגים את המבצע החוצה-גבולות הבודד הגדול ביותר מאז הכרזת 'המלחמה הפתוחה' בפברואר .
הפסקת האש מ-2025 מעולם לא הניבה הסדר מדיני. היא החלה להתפורר כמעט מיד לאחר קריסת השיחות בנובמבר 2025, נשברה באלימות בפברואר 2026, והוחלפה במעגל של פשיטות ותגמול מתגברות. תקיפות יוני 2026 אינן אירוע מבודד — הן המשך של דפוס שאינו מראה סימני דה-אסקלציה.