ההפרדה הזו אינה אומרת שאין ביניהם קשר גנטי עמוק. מחקרים קודמים זיהו רשתות של קשרים בין גנים שנשמרו לאורך זמן בקבוצות מרכזיות של בעלי חיים — ובהן בילטרים, צורבים וספוגים. הקשרים השמורים האלה מעידים ש”אבני בניין” כרומוזומליות עתיקות יכולות להישאר מזוהות גם כאשר הסידור הכולל שלהן משתנה.
השוואה של כרומוזומים שלמים מאפשרת לראות תמונה רחבה יותר מהשוואה של גן בודד בכל פעם. מקטעים של גנים שנותרו צמודים לאורך האבולוציה יכולים לסייע לחוקרים להבדיל בין תכונה שעברה בירושה מאב קדמון משותף לבין ארגון מחדש שהתרחש מאוחר יותר בשושלת מסוימת.
הדבר חשוב במיוחד כשמשווים בעלי חיים שנראים שונים לחלוטין זה מזה, אך נושאים חלקים מאותה היסטוריה כרומוזומלית עתיקה. במובן הזה, המפה הופכת קשרים חוזרים בין גנים ל”קואורדינטות” שמאפשרות להשוות את מבנה הגנום לאורך עץ החיים.
המסגרת החדשה עשויה לעזור לקבוע אילו קבוצות כדאי לחקור לעומק. שושלות שנדגמו עד כה במידה מועטה, או כאלה שמופיעות באזורים חריגים במפת מבנה הגנום, עשויות להפוך למועמדות למחקרי ריצוף ברמת הכרומוזום.
המפה מספקת גם דרך לחשוב על כיוונים אפשריים של התפתחות גנומית בעתיד. עם זאת, מדובר באפשרויות שמוגבלות על ידי ההיסטוריה הכרומוזומלית — לא בתחזיות מדויקות לגבי מין מסוים.
המסר הרחב יותר הוא שהמגוון של בעלי החיים מתועד לא רק במראה החיצוני שלהם או ברצף של גנים יחידים, אלא גם בארכיטקטורה ארוכת-הטווח של הכרומוזומים. כשמזהים אילו שינויים ניתן לבצע ואילו שינויים כמעט בלתי אפשרי לבטל, אפשר לשחזר חלק מההיסטוריה האבולוציונית של בעלי החיים בקנה מידה של אלפי מינים.