אנקרה דחתה את ההסבר הזה. משרד החוץ הטורקי טען כי לא הייתה נוכחות טורקית בבסיס, וכי הטענות הישראליות נועדו להצדיק פגיעה בריבונותה ובשלמותה הטריטוריאלית של סוריה.
לדברי טום באראק, שגריר ארה״ב בטורקיה והשליח המיוחד של הנשיא דונלד טראמפ לסוריה ולעיראק, הסכנה העיקרית לא נבעה מהחשיבות האסטרטגית של בסיס נטוש — אלא מהאפשרות לטעות בזיהוי ובכוונות.
באראק אמר כי הכוחות הטורקיים לא ידעו שמטוסים ישראליים מתקרבים לבסיס הספציפי הזה, ולא ידעו מה מטרת הטיסה. במצב כזה, הם עלולים היו לפרש את תנועת המטוסים כהכנה לתקיפה נגד טורקיה ולהזניק מטוסי קרב בתגובה. צעד הגנתי כזה היה עלול להוביל במהירות להתנגשות ישירה בין ישראל לטורקיה, תוך מעורבותה של סוריה.
הבעיה הוחרפה בשל היעדר ערוצי תיאום צבאיים אמינים — מה שמכונה לעיתים "מנגנוני מניעת חיכוך" — שבאמצעותם מדינות יריבות מעדכנות זו את זו על פעילות אווירית וצבאית כדי למנוע תאונות והסלמה. תקיפה באתר שמשלחת טורקית ביקרה בו זה עתה, בלי התרעה מספקת, יצרה בדיוק את התנאים לתגובה שגויה ומהירה.
הנוכחות הטורקית באבו א-דוחור הייתה, לפי הדיווחים, אפשרות עתידית ולא פריסה מבצעית שכבר הושלמה. לכן התקיפה לא נועדה לסלק כוח טורקי שכבר פעל בבסיס, אלא לשדר לאנקרה שלא תוכל להתבסס בו. בכך ישראל ניסתה להעביר מסר מקדים — אך עשתה זאת באמצעות פעולה צבאית שעלולה הייתה להפוך מחלוקת מדינית-ביטחונית לעימות ממשי.
במקביל, טורקיה העמיקה את קשריה עם ממשלתו של אחמד א-שרעא, שהוקמה לאחר נפילת משטר אסד, והמשיכה לשתף פעולה עם דמשק. גורמים טורקיים גינו את מדיניותו של ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו ותיארו אותה כמרחיבה ומערערת יציבות. דיווחים ופרשנויות בטורקיה קשרו את התקיפה גם למתיחות בין נתניהו לנשיא רג׳פ טאיפ ארדואן, ולמערכת הבחירות בישראל שנקבעה ל-27 באוקטובר. מדובר בפרשנות פוליטית ולא בעובדה שהוכחה באופן עצמאי.
באראק כינה את התקיפה "הסלמה מיותרת" וטען כי היא אינה מקדמת את היציבות האזורית. הוא הדגיש כי ממשלת א-שרעא שידרה מסרים של הורדת מתיחות, ולא של תוקפנות כלפי ישראל, וקרא לכל הצדדים להעדיף שיח ענייני על פני תקריות צבאיות נוספות.
וושינגטון הודיעה כי היא פועלת בשיחות שקטות לחידוש מנגנון למניעת חיכוך בין הצדדים, תוך אפשרות לשלב בו גם את טורקיה. עבור ארה״ב, כל התנגשות בין ישראל לטורקיה הייתה עלולה ליצור משבר מורכב במיוחד: טורקיה היא חברה בנאט״ו, לארדואן יש קשר משמעותי עם הנשיא טראמפ, וארה״ב כבר מתחה ביקורת פומבית על ישראל על רקע פעילותה הצבאית בעזה, בלבנון ובדרום סוריה.
התקיפה גרמה נזק למסלול ולמתקני האחסון של בסיס לא פעיל, אך לא גבתה קורבנות לפי הדיווחים. החשש של באראק היה רחב יותר: מסר ישראלי שנשלח לטורקיה באמצעות תקיפה, ללא תיאום צבאי אמין, עלול היה להפעיל שרשרת של תגובות הגנתיות מוטעות — ולהרחיב את העימות האזורי כך שיכלול את ישראל, טורקיה וסוריה.
סוריה וטורקיה גינו את התקיפה, בעוד וושינגטון ביקשה מכל הצדדים לגלות איפוק ולחדש את ערוצי התקשורת שנועדו למנוע הידרדרות.