תגובת הצבא הישראלי הייתה לא עקבית וספגה ביקורת נרחבת. ביום רביעי, 12 באוגוסט, כוחות צה"ל נפרסו באזור והתעמתו עם מתנחלים, תוך שימוש בגז מדמיע בעימות נדיר . עם זאת, הכוחות נסוגו לאחר שלא הצליחו לפזר את המתנחלים, והותירו את המשפחות עדיין לכודות
.
למחרת, 13 באוגוסט, הצבא שינה כיוון. חיילים תפסו עמדות בתוך הבתים הפלסטיניים הנצורים, למעשה כבשו את הבתים שהמשפחות הגנו עליהם . במקביל, הצבא הורה לחלק מהפלסטינים להתפנות מבתיהם. ראש מועצת קוצרה, עבד אל-עזים ואדי, אמר כי פעולות הצבא משמעותן בפועל התייצבות לצד המתנחלים
. הצבא ביטל מאוחר יותר את צו הפינוי, והצהיר כי החיילים קיבלו הוראה ש"תושבי קוצרה יישארו בבתיהם"
. הצבא מסר כי פירק שני מאחזים בלתי חוקיים ועצר ישראלי אחד
.
OHCHR פנה לרשויות הישראליות ב-13 באוגוסט בבקשה להגן על המשפחות הלכודות, וכינה את המצור כחלק מ"קמפיין מתגבר" להשתלטות על אדמה פלסטינית . שבועות ספורים קודם לכן, ב-29 ביולי, הזהיר OHCHR שאלימות המתנחלים הגיעה לרמה "גבוהה אי פעם" וכי מתנחלים וכוחות ביטחון ישראלים "פעלו לעתים קרובות" יחד כדי לתקוף קהילות פלסטיניות
.
שגריר ארה"ב בישראל, מייק האקבי, פרסם גינוי חריף במיוחד, וכינה את המצור "מעשה טרור נורא" ודרש את הרחקת מה שכינה "טרוריסטים ישראלים" מהאזור .
המצור בקוצרה אינו אירוע מבודד. אלימות המתנחלים עלתה באופן דרמטי בשנת 2026. עד סוף יולי, דיווח OHCHR על התקפות מתנחלים בממוצע של מעל 60 ביום - עלייה של 63% לעומת 2025 . אלימות זו, יחד עם מגבלות גישה, גרמה לעקירתם של מעל 2,000 פלסטינים עד אוגוסט 2026
. נכון למרץ 2026, כמעט 1,700 פלסטינים כבר נעקרו, יותר מכל שנת 2025 כולה . מועצת הביטחון של האו"ם קיבלה תדרוך ב-11 באוגוסט, לפיו הגדה המערבית נמצאת ב"נקודת שבירה"
. הרשויות הישראליות אישרו או קידמו כ-12,360 יחידות דיור בהתנחלויות בשנת 2026 .
במקביל לאלימות המתנחלים, סוכנות האו"ם לפליטים פלסטינים (אונר"א) עומדת בפני איום קיומי במזרח ירושלים. בינואר 2026, הרשויות הישראליות החליפו מנעולים במרכז הבריאות של אונר"א בירושלים וקצצו בשירותים . מזכ"ל האו"ם, אנטוניו גוטרש, "גינה בתוקף" את מה שכינה "כניסה בלתי חוקית וסגירה" של המתקן, המשרת מאות פליטים פלסטינים מדי יום .
בנפרד, כוחות ישראלים הסתערו על בנייני מטה אונר"א במזרח ירושלים והרסו אותם בינואר 2026 . המתקן המבצעי האחרון של הסוכנות במזרח ירושלים, מרכז ההכשרה בקלנדיה, נפרץ על ידי כוחות ישראליים חמש פעמים בשנת 2026 . פעולות אלו באות בעקבות חקיקה בכנסת באוקטובר 2024 (ותיקון בדצמבר 2025) האוסרת על אונר"א לפעול בשטח הריבוני הישראלי המוכרז ואוסרת על רשויות ישראליות ליצור קשר עם הסוכנות, ומציבה את כל מתקני אונר"א הנותרים במזרח ירושלים בסיכון מיידי לסגירה
.