השינוי המרכזי הוא שכל הנתינים הלא-אירופיים (כולל בריטים) חייבים כעת לספק טביעות אצבע ותמונת פנים בכל כניסה ראשונה, הנרשמות דיגיטלית במקום חותמת הדרכון הקודמת . כל רישום ביומטרי אורך 1-2 דקות לאדם, וכאשר כל מטייל בתור חייב למסור נתונים ביומטריים בפעם הראשונה, זמני ההמתנה זינקו ל1-6 שעות בנמלי תעופה ומעברי גבול עמוסים . ההפעלה ההדרגתית של המערכת — עם נמלים שונים ברמות מוכנות שונות — גרמה לבלבול, שכן חלק מעברי הגבול הם ביומטריים לחלוטין בעוד שאחרים עדיין משתמשים בגמישות הזמנית, מה שמוביל למהירויות עיבוד לא עקביות . חשוב לציין, אין פיצוי מסוג EU261 לעיכובי גבולות: כללי זכויות הנוסעים אינם מכסים זמני המתנה בביקורת דרכונים, ולכן מטיילים שנתקעו בתורי EES אין להם זכות אוטומטית לפיצוי כספי מחברות התעופה או מרשויות הגבול .
בריטניה
ספרד
הקשר רחב יותר של זכויות נוסעים באיחוד האירופי: הפרלמנט האירופי ביולי 2026 שמר על רמות הפיצוי הקיימות לנוסעי אוויר (€250–€600 בהתאם למרחק) עבור עיכובים וביטולי טיסות, אך כללים אלו אינם חלים על עיכובים בביקורת הגבולות שנגרמו על ידי EES .