שתי המומיות נמצאו באתר הארכאולוגי קמרונס 9 (Camarones 9), המזוהה עם קהילת אינקה בצפון צ׳ילה: אישה בשנות ה-30 לחייה וגבר צעיר כבן 20. בעצמותיהם אותרו מקטעים של DNA מנגיף Variola major, הגורם לאבעבועות שחורות . אלה הם הגנומים העתיקים הראשונים של הנגיף שנמצאו ביבשת אמריקה .
תיארוך פחמן-14 מציב את מותם בין שנת 1492 לשנת 1631, בראשית התקופה הקולוניאלית הספרדית . האקלים הצחיח במיוחד של מדבר אטקמה סייע לשמר את השרידים. באופן מקרי, הדגימות נאספו במקור לצורך חקר ה-DNA האנושי — ולא בחיפוש אחר נגיפים .
הגנומים שנמצאו בשני הגופות היו כמעט זהים. הדבר מצביע על האפשרות ששני האנשים נדבקו באותה התפרצות, או באותו זן שהיה נפוץ באזור באותה תקופה . החוקרים העניקו לזן את השם CAM9, על שם אתר קמרונס 9 .
הגנומים של CAM9 שייכים לשושלת של נגיף האבעבועות השחורות שנכחדה מאז, והיא נבדלת מכל הזנים המודרניים מהמאה ה-20 . ניתוח פילוגנטי — בחינה של קשרי ההתפתחות בין זנים — מראה כי השושלת הקדומה הייתה ענף בסיסי שממנו התפתחה בהמשך קבוצת ה-alastrim, צורה קלה יחסית של המחלה מהמאה ה-20 .
מבחינה אבולוציונית, CAM9 ממוקם בין זנים שתועדו באירופה של ימי הביניים לבין זנים שהסתובבו במאות מאוחרות יותר. בכך הוא ממלא פער חשוב בעץ המשפחה של נגיף האבעבועות השחורות . הקשר הגנטי שלו לנגיפי אבעבועות שחורות מהעולם הישן תומך במקור האירופי של השושלת .
השוואה בין הגנומים העתיקים לבין זנים מוכרים יותר מצביעה על כך שהשושלת נפרדה מאב קדמון אירופי במהלך המאות ה-15 וה-16 — תזמון שמתאים לראשית הקולוניזציה הספרדית . תיארוך המומיות, שמתחיל כבר בסביבות 1492, מציב את נוכחות המחלה בדרום אמריקה בתוך הדור הראשון שלאחר הגעתו של קולומבוס .
מקורות היסטוריים מתארים התפרצות הרסנית של אבעבועות שחורות באזור הרי האנדים בשנות ה-20 וה-30 של המאה ה-16, תקופה שנקשרה לעיתים קרובות לכיבוש האינקה בידי הספרדים. הגנומים החדשים מספקים לראשונה עדות פיזית התואמת את ציר הזמן הזה .
CAM9 הסתובב ככל הנראה במאה ה-16, אך נעלם לפני העידן המודרני. הזנים של אבעבועות שחורות שהיו מוכרים בעולם במאה ה-20 — עד שהמחלה הוכחדה בשנת 1980 — השתייכו לענף אבולוציוני אחר, שהתפתח מאוחר יותר .
הממצא מחזק את האפשרות שלאורך התקופה הקולוניאלית הוכנסו לאמריקה כמה שושלות של הנגיף מאירופה, ורק חלקן שרדו והפכו לדומיננטיות במאות שלאחר מכן . החוקרים מצאו גם שהשושלת CAM9 כבר הפסיקה לאבד גנים. משמעות הדבר היא שאף שמקורו האבולוציוני של הנגיף היה בבעלי חיים, בשלב שבו הגיע לאמריקה הוא כבר היה מותאם היטב לבני אדם כפונדקאי .
אישור מולקולרי להנחה היסטורית ותיקה: היסטוריונים קשרו זה מכבר את אובדן האוכלוסייה העצום בקרב עמים ילידיים באמריקה — 50% עד 90% באזורים מסוימים — בין היתר לאבעבועות שחורות. המחקר מספק לראשונה אישור גנטי ישיר לקשר הזה . הגנטיקאי שיגקי נקאגומה, ממחברי המחקר, אמר כי הממצא הוא "האישור המולקולרי הראשון לכך שאבעבועות שחורות הובאו לאמריקה בתקופה הקולוניאלית" .
הצצה לאבולוציה של נגיפים לאורך זמן: היעלמותה של שושלת CAM9 מראה שהתפתחות הנגיף באמריקה לא הייתה תהליך ליניארי שנבע מהחדרה יחידה. גרסאות שונות הגיעו, התחרו זו בזו, ורק חלקן שרדו עד המאה ה-20 .
פריצת דרך מחקרית: היכולת להפיק DNA של נגיף עתיק ממומיות שנשמרו באקלים צחיח עשויה לסייע בעתיד באיתור פתוגנים נוספים מהעולם הישן, ובהם חצבת או שחפת, שהגיעו לאוכלוסיות באמריקה בעקבות המפגש הקולוניאלי .
תזכורת למחיר האנושי: שני האנשים שנמצאו באתר הם עדות ישירה למחלה שהרגה מיליוני בני אדם ילידיים, שרבים מהם לא נחשפו אליה קודם לכן ולא הייתה להם חסינות . רויטרס תיארה את הממצא כ"הראיה המולקולרית הישירה הראשונה" לכך שאבעבועות שחורות הובאו ללא כוונה מהעולם הישן לעולם החדש והרגו מספר עצום של בני אדם במרכז אמריקה ובדרומה .
גנומי CAM9 אינם רק שרידים של נגיף שנשמר במדבר אטקמה. הם מספקים את הראיה הגנטית הישירה הראשונה לכך שאבעבועות שחורות חצו את האוקיינוס האטלנטי עם הקולוניזציה האירופית, ומחברים בין התיעוד ההיסטורי של מגפות האנדים לבין חומר ביולוגי ממשי.
הממצא מחזק את המסקנה שהמחלה הגיעה לאמריקה לאחר 1492 — ולא הייתה חלק מהנוף האפידמיולוגי של היבשת לפני המפגש עם אירופה — וכי התפשטותה הייתה תוצאה ישירה של תהליכי הקולוניזציה .