גורמים רשמיים ודיווחים המצטטים מקורבים למעגל הפנימי שלו מתארים פציעות חמורות, ובהן כוויות ופציעות ברגל שחייבו ניתוחים מרובים. יש דיווחים שהוא עשוי להזדקק לפרוטזה ברגל ומתקשה בדיבור עקב פציעות בפנים, אם כי לא כל הפרטים אומתו באופן בלתי־תלוי.
מחשש שתקשורת אלקטרונית או ביקורים של גורמים רשמיים עלולים לחשוף את מיקומו לשירותי ביון זרים, הגישה אליו מוגבלת מאוד.
התוצאה היא מצב המכונה לעתים על־ידי אנליסטים "מנהיגות בלתי־נראית" – מנהיג עליון שעומד בראש המדינה אך ממעט להופיע ומתקשר רק בערוצים עקיפים.
כדי להימנע ממעקב אלקטרוני, מוג'תבא ח'אמנאי מסתמך לפי דיווחים על מערכת תקשורת נמוכת־טכנולוגיה הכוללת הנחיות בכתב־יד המועברות על־ידי שליחים מהימנים.
על־פי מספר דיווחים המצטטים גורמים רשמיים המכירים את המערכת, המסרים נכתבים בכתב־יד, נאטמים במעטפות ומועברים בשרשרת של מתווכים – לעתים בנסיעות ארוכות ברכב או אופנוע – כדי להגיע לגורמים רשמיים או למפקדים צבאיים. התשובות חוזרות באותו מסלול.
גישה זו נועדה למנוע יירוט או איתור גאוגרפי על־ידי מערכות מעקב מתקדמות שעשויות לעקוב אחר שיחות טלפון, הודעות מוצפנות או אותות דיגיטליים.
אף שהשיטה מאובטחת, היא מאטה את התקשורת ומגבילה את היכולת של המנהיג העליון לנהל ישירות את ענייני היום־יום.
בשל הבידוד והתקשורת המוגבלת של מוג'תבא ח'אמנאי, דיווחים רבים מתארים מעבר למנהיגות קולקטיבית בקרב בכירי הצבא והפוליטיקה.
במקום סמכות אחת דומיננטית, ההחלטות המרכזיות בנוגע לאסטרטגיה צבאית, דיפלומטיה וביטחון פנים מעוצבות יותר ויותר על־ידי קבוצה קטנה של בעלי תפקידים רבי־עוצמה הקשורים קשר הדוק למשמרות המהפכה האסלאמית (IRGC).
בין הדמויות המוזכרות תדיר בדיווחים ובניתוחים:
קבוצה זו מתוארת לעתים כ"חבורת אחים" הדוקה של אליטות ממנגנון הביטחון המסייעות לתרגם את הנחיות המנהיג העליון להחלטות מבצעיות.
אנליסטים טוענים כי מעמדו של מוג'תבא ח'אמנאי שונה מהותית מכוחו של אביו.
עלי ח'אמנאי בילה יותר משלושה עשורים בביסוס סמכותו על פני המוסדות הדתיים של איראן, ההנהגה הצבאית והפלגים הפוליטיים. כהונה ארוכה זו העניקה לו את היכולת לבור סכסוכים בין קבוצות יריבות בתוך המשטר.
מוג'תבא, לעומת זאת, מתמודד עם מספר מגבלות מבניות:
יש הערכות מודיעין שהוא עדיין ממלא "תפקיד מכריע" בעיצוב האסטרטגיה של איראן בסכסוך המתמשך ובמשא ומתן.
עם זאת, אותן הערכות מציינות כי ההנהגה האיראנית נראית כיום מפוצלת יותר, כאשר למשמרות המהפכה ולבכירים פוליטיים יש השפעה גדולה יותר מבעבר.
אפילו חודשים לאחר העברת ההנהגה, נותרה אי־ודאות משמעותית לגבי מידת השליטה הישירה שמוג'תבא ח'אמנאי מפעיל על מדיניות איראן.
הנראה בבירור מהדיווחים הזמינים הוא שהמדינה פועלת תחת מבנה כוח היברידי:
התוצאה היא מערכת הנהגה שנראית מבוזרת הרבה יותר – ומיליטריסטית יותר – מזו שהתקיימה תחת עלי ח'אמנאי.
השאלה אם הסדר זה זמני או שהופך לנורמה החדשה של המערכת הפוליטית האיראנית נותרה פתוחה.