בהיעדר תקציר רשמי, הדרך הטובה ביותר לנחש את כיוון העלילה היא להסתכל על המסלול של היקום הקולנועי של מארוול ועל חוברות הקומיקס . המושג "Incursion" (חדירה/התנגשות בין יקומים מקבילים), הוצג אט-אט מאז שלב 4, ונראה שהוא המנוע המרכזי של הסיפור ב'יום הדין'
.
הסרט כנראה ייפתח בהתפרקות הסדר ברב-יקום. הגבולות בין המציאויות יהפכו לדקיקים יותר ויתחילו ה"Incursions": תופעה קטסטרופלית שבה שני יקומים מתנגשים ושניהם מושמדים . דוקטור סטריינג' וקליאה כנראה מודעים לכך מראש, או שהם יהיו הראשונים לזהות את האסון המתקרב.
בתוך הכאוס של הקטסטרופה הקוסמית הזו, דוקטור דום מגיח כ"מושיע". הוא, שלפי אמונתו הוא האדם החכם ביותר על פני כדור הארץ, מאמין שהפתרון היחיד הוא לא להציל את כל היקומים, אלא לבנות את המציאות מחדש לפי רצונו. השיטה שלו היא לחסל את היקומים החלשים ולכפות סדר עולמי חדש, רודני וקשוח, תחת שלטונו, במקום שנקרא "Battleworld". הליהוק של רוברט דאוני ג'וניור לתפקיד הזה, בהתחשב במורשת שלו כטוני סטארק, יוסיף רובד רגשי עמוק לדמותו של דום, מכיוון שהגיבורים והצופים יראו פנים מוכרות בדמותו של הנבל הכי גדול .
ככל שהמשבר מחריף, הגיבורים מעולמות שונים נכנסים לסיפור:
בניגוד להרבה סרטי גיבורי-על, אל תצפו לניצחון מוחלט ושמח. יש מספיק ראיות לכך ש'יום הדין' יסתיים בכישלון, או בניצחון פירוס עבור הגיבורים. הסצנריו הסביר ביותר הוא שדום יצליח בסופו של דבר למזג כמה יקומים למציאות אחת חדשה ושבורה – "Battleworld" – ויכריז על עצמו כשליט היחיד והבלתי מעורער שלה . הסוף הזה יהיה הכנה ישירה לסרט 'מלחמות סודיות', שם הגיבורים ששרדו מכל היקומים יצטרכו להתאחד למרד סופי נגד הקיסר-אל דום.
'הנוקמים: יום הדין' לא יהיה סרט נוקמים רגיל. זה יהיה סרט אסון קוסמי שמציב את דוקטור דום כאיום ברמה של תאנוס, אבל עם מניעים מורכבים ואישיים הרבה יותר. הסרט יפגיש את ענקי הקומיקס של מארוול מכל הזיכיונות השונים, זה לצד זה וזה מול זה. למרות שסוף טוב לדמויות האהובות עלינו לא נראה באופק, אין ספק שזה יהיה הקרוסאובר הגדול והשאפתני ביותר בהיסטוריה של קולנוע גיבורי-העל.
חשוב לציין שכל האמור לעיל מבוסס על מידע רשמי שפורסם עד כה ועל ניתוח של כיוון העלילה ביקום הקולנועי של מארוול. הפרטים המדויקים של העלילה לא יאושרו באופן רשמי עד לצאת הטריילר או הקרנת הסרט .