Claude a conçu des protéines fonctionnelles : ce que montre réellement l’expérience d’Anthropic

Ce qui a été vérifié en laboratoire

Sur les 1 320 protéines conçues puis testées, 354 se sont liées à leur cible, soit 26,8 % au total. La cible MBP est la seule pour laquelle aucun liant n’a été obtenu.

Adaptyv Bio a reçu les séquences de manière anonyme, a synthétisé l’ADN, produit les protéines et mesuré leur liaison par résonance plasmonique de surface, avec des essais répétés et contrôlés. Twist Bioscience a également produit et testé une partie des conceptions de manière indépendante. Cette procédure est plus convaincante qu’une simple évaluation informatique : les protéines ont réellement été fabriquées et confrontées à leurs cibles. Elle ne constitue toutefois qu’une validation de la liaison, et non une preuve d’efficacité thérapeutique.

Comment Claude a procédé

Un spécialiste humain de la conception des protéines a fourni une instruction initiale d’environ 30 000 tokens. Après cette étape, l’intervention humaine a été limitée. Claude a effectué des recherches sur les cibles, choisi des sites de liaison, appelé et coordonné des outils publics spécialisés de prédiction structurale et de conception protéique, généré des candidats, puis les a filtrés et classés.

La campagne portait principalement sur des cibles déjà utilisées comme références dans le domaine. Deux cibles plus récentes, issues de compétitions, ont aussi été incluses afin de réduire le risque que le modèle ne fasse que reproduire des exemples connus.

Des résultats parfois meilleurs que ceux publiés auparavant

Anthropic affirme avoir obtenu des liants à forte affinité pour au moins six cibles, ainsi que des résultats comparables ou supérieurs aux affinités publiées auparavant pour au moins quatre d’entre elles. Certains des meilleurs candidats auraient présenté une liaison plusieurs fois plus forte que les meilleurs résultats publiés jusque-là.

Pour la cible RBX1, le taux de réussite rapporté par Claude était d’environ 40 %, contre 3,7 % chez les participants aux compétitions précédentes. Anthropic affirme également que le modèle a dépassé la conception gagnante antérieure.

Un liant protéique n’est pas encore un médicament

Un liant est une petite protéine conçue pour s’attacher à une cible. Il peut constituer un point de départ intéressant pour un traitement, un outil de diagnostic ou un réactif de recherche. Mais l’affinité de liaison ne permet pas, à elle seule, de conclure à la sélectivité, à l’effet biologique, à la stabilité, à la capacité d’atteindre le bon tissu, à la pharmacocinétique, à l’absence de réaction immunitaire ou de toxicité, ni à la possibilité de fabriquer le produit à grande échelle.

Anthropic présente d’ailleurs explicitement cette expérience comme une avancée dans les premières étapes de la mise au point de médicaments, et non comme un système complet de découverte pharmaceutique.

Les critiques : affinité et cibles extracellulaires

Martin Shkreli a soutenu que nombre des affinités annoncées étaient trop faibles pour justifier les ambitions pharmaceutiques suggérées, et que le programme s’était concentré sur des cibles extracellulaires, plus accessibles aux liants protéiques, plutôt que sur des cibles intracellulaires plus difficiles. Ces réserves portent sur des limites importantes de l’expérience, même si elles ne remettent pas en cause le constat mesuré selon lequel de nombreuses protéines conçues se sont bien liées à leur cible.

Vers une chaîne de développement plus automatisée

Anthropic présente la conception de liants et l’analyse de données chimiques comme des briques d’une ambition plus large : accélérer l’ensemble du développement de médicaments en combinant plusieurs modalités et plusieurs étapes de recherche. L’entreprise estime aussi que certains obstacles restants relèvent de l’organisation et des politiques d’accès, et pas uniquement des capacités des modèles.

Les capacités les plus avancées d’Anthropic dans les sciences de la vie restent actuellement limitées. L’entreprise a annoncé son intention de mettre en place un programme d’accès destiné à des scientifiques évalués, tandis qu’Opus 5 est présenté comme le modèle généralement accessible le plus puissant pour les travaux en sciences de la vie.

Le dilemme de la sécurité biologique

Le même flux de travail autonome qui peut accélérer la recherche thérapeutique légitime pourrait aussi réduire le niveau d’expertise et le temps nécessaires à certaines activités biologiques dangereuses. Anthropic restreint donc les tâches avancées de recherche biologique sur ses modèles les plus performants et privilégie un accès contrôlé ou vérifié plutôt qu’une mise à disposition sans restriction.

L’enjeu de gouvernance consiste à permettre les recherches utiles tout en empêchant l’assistance à la conception de pathogènes, aux travaux liés aux toxines ou à d’autres activités biologiques à double usage.

Ce que l’expérience démontre — et ce qu’elle ne démontre pas

En résumé, l’expérience montre une orchestration particulièrement efficace de plusieurs outils existants de conception protéique, ainsi qu’un taux de liaison en laboratoire nettement supérieur à la référence annoncée par Anthropic. Elle ne démontre pas que Claude a créé un médicament, résolu la question du ciblage intracellulaire ou supprimé le long parcours expérimental et réglementaire qui sépare un liant prometteur d’un traitement utilisable chez l’être humain.