L'épigénétique étudie les modifications de l'expression des gènes qui ne changent pas la séquence d'ADN elle-même. Ces modifications (méthylation de l'ADN, modifications des histones, petits ARN) peuvent être transmises d'une génération à l'autre. C'est exactement ce que Lamarck avait entrevu : l'acquisition de caractères sous l'effet du milieu peut devenir héréditaire .
Mais attention : cette redécouverte ne jette pas Darwin par-dessus bord. Elle complète le tableau. La sélection naturelle reste le filtre ultime. L'épigénétique apporte simplement une source supplémentaire et rapide de variation phénotypique que la sélection peut ensuite trier, fixer ou, à l'inverse, effacer .
Pour qu'un changement épigénétique soit considéré comme transgénérationnel, il doit persister au-delà de la génération directement exposée au déclencheur environnemental. Chez les mammifères, cela signifie qu'il faut remonter jusqu'à la génération F2 (si le mâle a été exposé) ou F3 (si c'est la femelle) pour être certain que l'effet n'est pas dû à l'exposition directe de l'embryon .
Une revue scientifique de 2026 introduit le concept de « couplage épigénétique-génétique » : des modifications épigénétiques acquises somatiquement peuvent, avec le temps, se stabiliser et guider l'évolution génétique, en particulier chez les mammifères et les vertébrés supérieurs .
L'épigénétique environnementale fournit le mécanisme moléculaire qui manquait à Lamarck : l'environnement altère directement la variation phénotypique de manière héréditaire, sans aucune modification de la séquence d'ADN .
Les plantes sont les modèles les plus solides. Des stress comme la sécheresse ou la chaleur modifient les motifs de méthylation de l'ADN, et ces modifications se transmettent sur plusieurs générations. Un des exemples les plus célèbres est le changement de symétrie florale chez la linaire commune (Linaria vulgaris), passé de bilatérale à radiale, qui est resté stable sur des générations .
Exposé à des odeurs comme le benzaldéhyde ou le citronellol (des attractants naturels), ce nématode transmet à sa descendance une préférence comportementale pour ces odeurs, ainsi qu'une augmentation de la reproduction. La transmission est propre, multi-générationnelle et documentée .
Classique des manuels d'épigénétique : une mère souris recevant une alimentation riche en donneurs de méthyle (acide folique, vitamine B12) produit des petits dont le pelage est plus foncé, via la méthylation du locus Agouti. Cet effet ne dure toutefois que deux générations, ce qui montre les limites de la transmission chez les mammifères .
L'alimentation, l'exposition à des toxines (comme les perturbateurs endocriniens), le stress social : tout cela produit des changements épigénétiques mesurables dans la descendance. Mais la question de savoir si ces effets sont véritablement transgénérationnels (au-delà de F2/F3) reste très disputée. Plusieurs études majeures montrent que les modifications sont souvent effacées par la reprogrammation épigénétique qui a lieu lors de la formation des gamètes .
Loin d'être une guerre entre Lamarck et Darwin, les biologistes plaident aujourd'hui pour une Synthèse Évolutive Inclusive qui réconcilie les deux visions sous un même toit .