L’ADN de deux momies chiliennes confirme l’arrivée de la variole avec la colonisation européenne

Deux momies, une découverte majeure

Les restes proviennent du site archéologique inca de Camarones 9, dans le nord du Chili. Il s’agit d’une femme âgée d’une trentaine d’années et d’un jeune homme d’environ 20 ans. Des fragments d’ADN du virus Variola major, responsable de la variole, ont été retrouvés dans leurs os .

Les deux personnes ont vécu au début de la période coloniale espagnole. La datation au radiocarbone situe leur mort entre 1492 et 1631 . L’extrême sécheresse du désert d’Atacama a naturellement préservé leurs corps et leur matériel génétique.

Le résultat est d’autant plus marquant que les échantillons osseux n’avaient pas été prélevés pour rechercher un virus, mais pour étudier l’ADN humain. La présence de la variole a été découverte au cours d’une analyse complémentaire .

Les deux génomes viraux sont presque identiques. Les chercheurs estiment donc que les deux individus ont probablement été infectés lors de la même flambée épidémique ou par une souche qui circulait au même moment . Ils ont baptisé cette lignée CAM9, d’après le nom du site de Camarones 9 .

Ce que révèle la souche CAM9

Une branche disparue de l’histoire du virus

Les génomes CAM9 appartiennent à une lignée du virus de la variole aujourd’hui éteinte, distincte des souches modernes du XXe siècle . Les analyses phylogénétiques la placent à la base de la branche qui donnera plus tard naissance au clade de l’« alastrim », une forme généralement plus bénigne de la variole .

Cette position dans l’arbre généalogique du virus est particulièrement informative : CAM9 se situe entre des souches connues de l’Europe médiévale et des variantes apparues au cours des siècles suivants . Elle constitue ainsi un chaînon manquant dans l’évolution de la variole.

La proximité génétique de cette lignée avec des virus de l’Ancien Monde confirme également son origine européenne .

Une arrivée peu après 1492

En comparant les génomes anciens à ceux de souches connues, les chercheurs estiment que la lignée virale s’est séparée de son ancêtre européen aux XVe et XVIe siècles, une période compatible avec les débuts de la colonisation espagnole .

Les dates de décès des deux personnes, qui remontent potentiellement à 1492, situent la présence de la variole en Amérique du Sud dès la première génération suivant l’arrivée de Christophe Colomb . Des récits historiques rapportent déjà une épidémie dévastatrice dans les Andes au cours des années 1520 et 1530, au moment de la conquête espagnole de l’Empire inca. Les génomes CAM9 offrent pour la première fois une trace physique correspondant à cette chronologie .

Plusieurs introductions, pas une seule souche

CAM9 n’est pas l’ancêtre direct des principales souches de variole qui circulaient au XXe siècle. Cette lignée a disparu bien avant l’éradication mondiale de la maladie en 1980, tandis que les souches modernes appartenaient à une autre branche évolutive .

Ce constat suggère que plusieurs lignées de variole ont pu être introduites depuis l’Europe dans les Amériques. Certaines se sont éteintes, tandis que d’autres ont persisté et sont devenues dominantes au fil des siècles .

Les chercheurs ont aussi observé que CAM9 avait cessé de perdre des gènes. Bien que le virus soit issu d’un agent zoonotique, cette caractéristique indique qu’il était déjà pleinement adapté à l’être humain comme hôte au moment de son arrivée sur le continent américain .

Une nouvelle lecture des épidémies coloniales

Cette découverte a plusieurs implications importantes :

• Elle confirme une hypothèse historique ancienne. Les historiens associent depuis longtemps la variole à une partie de la chute démographique massive des populations autochtones après le contact avec l’Europe. L’étude fournit désormais un appui moléculaire direct à cette interprétation .

• Elle montre l’évolution du virus en plusieurs branches. La disparition de CAM9 indique que l’histoire de la variole dans les Amériques ne correspondait pas à une progression linéaire à partir d’une seule souche. Plusieurs variants ont pu arriver, se propager et entrer en concurrence .

• Elle ouvre une piste pour d’autres recherches. La récupération d’ADN viral ancien dans des momies conservées en climat aride pourrait permettre d’étudier la présence d’autres agents pathogènes de l’Ancien Monde, comme la rougeole ou la tuberculose, dans les populations touchées par la colonisation .

• Elle rappelle le coût humain de ces introductions. Ces deux personnes sont des témoins directs d’une maladie contre laquelle les populations autochtones ne disposaient d’aucune immunité préalable et qui a tué un nombre incalculable de personnes en Mésoamérique et en Amérique du Sud .

La preuve qui manquait

Les génomes CAM9 sont la pièce génétique qui manquait au dossier historique : ils montrent que la variole était présente en Amérique du Sud peu après 1492 et qu’elle appartenait à une lignée apparentée aux virus de l’Ancien Monde. La découverte ne mesure pas à elle seule l’ensemble des victimes de la maladie, mais elle établit directement le lien entre l’introduction de la variole et la colonisation européenne .