TRACE-menetelmä tunnisti kaksi erillistä arkaaista populaatiota, jotka ovat antaneet DNA:ta nykyihmiselle:
1. ’Haamulinja’ (erkaantui noin 800 000 vuotta sitten): Tämä arkaainen hominiinipopulaatio erkaantui nykyihmisen esi-isistä noin 800 000 vuotta sitten ja on jättänyt noin 0,5–1 prosenttia DNA:sta, jota jokainen nykyihminen kantaa . Tärkeää on, että tämä haamulinja on jättänyt jälkensä kaikkiin nykyisiin ihmispopulaatioihin, ei vain euraasialaisiin tai afrikkalaisiin – signaali on maailmanlaajuinen . Tutkijat eivät ole vielä nimenneet tätä populaatiota; se on toistaiseksi tilastollinen rekonstruktio nykyisistä genomeista, eikä siihen ole toistaiseksi yhdistetty suoraan mitään fossiilia tai muinaista DNA:ta .
2. ’Superarkainen’ linja (peräisin noin 1,8 miljoonan vuoden takaa): Tämä syvälle erkaantunut hominiiniryhmä on yksi vanhimmista tunnetuista, jotka ovat risteytyneet myöhempien ihmisten kanssa . Sen DNA päätyi nykyihmiseen denisovanien kautta, jotka olivat jo sekoittuneet tähän superarkaiseen populaatioon ennen kuin he myöhemmin risteytyivät Homo sapiensin kanssa . Tutkijat ehdottavat, että Homo erectus on mahdollinen ehdokas tälle ryhmälle, mutta asiaa ei ole vahvistettu .
TRACE (ancestral recombination graph -menetelmä) on Yulin Zhangin ja kollegoiden kehittämä UC Berkeleyssä . Toisin kuin aiemmat menetelmät, jotka vaativat vertailu-DNA:ta muinaisista fossiileista tai luurangoista, TRACE pystyy havaitsemaan arkaaista introgression (perimän sekoittumista) nykyisissä genomeissa ilman, että tarvitaan mitään muinaista vertailu-DNA:ta . Se tekee tämän rekonstruoimalla sukupuita jokaisesta genomin kohdasta pelkästään nykyajan DNA:n avulla . Tutkijat analysoivat 503 täydellistä genomia ympäri maailmaa .
Monet TRACE-menetelmällä löydetyt arkaaiset DNA-jaksot keskittyvät genomialueille, jotka liittyvät immuunipuolustukseen ja aineenvaihduntaan. Tämä viittaa siihen, että nämä introgressoituneet variantit ovat saattaneet olla hyödyllisiä nykyihmiselle . Tutkimus pohjautuu aiempaan työhön, joka on viitannut haamujen sekoittumiseen afrikkalaisissa populaatioissa ja aiempiin todisteisiin superarkaisesta populaatiosta , mutta TRACE tarjoaa tähän mennessä kattavimman maailmanlaajuisen kartan .
Molemmat linjat ovat tilastollisia rekonstruktioita nykyisistä genomeista; mihinkään niistä ei ole toistaiseksi yhdistetty suoraan fossiilia tai muinaista DNA:ta . Kuten paleoantropologi John Hawks toteaa, jokainen ”haamu on matemaattinen konstruktio, joka odottaa muinaisten luurankojen DNA:ta testatakseen, oliko se todellinen” . Fyysisen todistusaineiston etsintä jatkuu.