Poikkeuksellisessa liikkeessä kokouksen oma sihteeristö nuhteli allekirjoittajia julkisesti tuntien kuluttua, toteamalla, että lausunto rikkoi normaalia menettelytapaa ja olisi pitänyt säilyttää elimen yhtenäisyys . Iran International kuvaili tätä "harvinaiseksi julkiseksi kiistaksi" instituutiossa, joka normaalisti toimii hiljaisesti . Kiista ei päättynyt tähän: äärikovan linjan edustajat Paydari (Stability) -rintamasta antoivat oman lausuntonsa, jossa he asettuivat tukemaan kokouksen jäsenten kritiikkiä Yhdysvaltojen kanssa solmittua aiesopimusta kohtaan .
Vallankumouskaarti (IRGC) on ollut keskeisessä roolissa Iranin diplomaattisten vaihtoehtojen kaventamisessa. ISW:n huhtikuun 2026 raportin mukaan IRGC:n komentaja, prikaatikenraali Ahmad Vahidi ja hänen lähipiirinsä ovat toistuvasti estäneet parlamentin puhemies Mohammad Bagher Ghalibafin ja muiden "pragmaattisten" virkamiesten yritykset ohjata hallintoa kohti joustavampaa neuvotteluasemaa. Vahidi näytti voittaneen tässä sisäisessä valtataistelussa, omaksuen maksimalistisen ja joustamattoman kannan, johon Ghalibafilla ei ollut vaikutusvaltaa puuttua .
IRGC:hen kytköksissä oleva uutistoimisto (Fars) antoi toukokuussa 2026 ymmärtää, että neuvottelut epäonnistuvat, ellei Yhdysvallat osoita joustavuutta, samalla kun se vaati, ettei Iran keskustele ydinohjelmastaan – mikä käytännössä kavensi diplomaattista ikkunaa .
Presidentti Masoud Pezeshkian on joutunut vaikeaan asemaan puolustaessaan Islamabadin aiesopimusta (MoU) – 14-kohtaista sopimusta, joka allekirjoitettiin Yhdysvaltojen kanssa 17. kesäkuuta 2026 – sisäisiä kriitikoita vastaan . Hän on julkisesti vakuuttanut, että sopimus solmittiin "täydessä yhteistyössä korkeimman johtajan Mojtaba Khamenein ja korkeimman kansallisen turvallisuusneuvoston (SNSC) tuella" . Pezeshkian kehysti sopimuksen "diplomaattiseksi saavutukseksi" ja varoitti, että Iran pitää kiinni sitoumuksistaan vain, jos Yhdysvallat tekee samoin, kutsuen Trumpin sotilaallista painostusta "järjettömäksi uhoksi" .
Korkein johtaja Mojtaba Khamenei itse myönsi merkittävän sisäisen jännitteen: hän hyväksyi aiesopimuksen "erilaisesta näkemyksestä huolimatta" saatuaan vakuutuksia Pezeshkianilta .
Kenties tärkein sisäistä erimielisyyttä ruokkiva tekijä on sellaisen johtajan puuttuminen, jolla olisi Ali Khamenein kerryttämä auktoriteetti. Bloomberg raportoi maaliskuun alussa 2026, että Khamenein seuraajaksi perustettu sotaneuvosto "paljasti jakolinjat poliittisten ryhmittymien välillä" ilman, että kukaan pystyi pakottamaan konsensusta .
Useat RFE/RL:n ja Institute for the Study of Warin (ISW) siteeraamat analyytikot arvioivat, että korkeimman johtajan, jolla olisi Khamenein kaltainen kertynyt auktoriteetti, puuttuminen tarkoittaa, että ryhmittymien väliset sodan ja rauhan kiistat ovat nyt vaikeampia ratkaista sisäisesti . Äärikovan linjan hylkäävä suhtautuminen aiesopimukseen yhdistettynä IRGC:n jarrutukseen vähentää kompromissin mahdollisuuksia ja tekee sotilaallisen konfliktin paluusta todennäköisempää, jos sopimuksen hauraat ehdot romuttuvat .
Al Jazeera Centre for Studiesin analyysi 9. heinäkuuta 2026 totesi, että ensimmäinen suora neuvottelukierros Islamabissa "epäonnistui tuottamaan konkreettisia tuloksia", jättäen tulitaukokehyksen haavoittuvaiseksi .
Todisteet vahvistavat, että Iranin hallitsevan eliitin sisällä on syntynyt leveä julkinen särö Yhdysvaltojen diplomatiaan ja sodan strategiaan liittyen Khamenein kuoleman jälkeen. Mojtaba Khamenein nousu valtaan maaliskuussa 2026 ei palauttanut sellaista kiistämätöntä auktoriteettia, jota hänen isänsä piti, ja institutionaalinen valtataistelu on jatkunut vähintään heinäkuuhun 2026 asti. Julkinen jakautuminen Asiantuntijoiden kokouksessa, IRGC:n dokumentoitu joustavuuden estäminen, Pezeshkianin puolustuskanta aiesopimukselle ja analyytikoiden varoitukset siitä, että yhdistävän auktoriteetin puuttuminen lisää sotilaallisen konfliktin riskiä, ovat kaikki hyvin lähdeperusteisia ja edustavat aidosti haurasta hetkeä Iranin islamilaiselle tasavallalle.